中标后双方协商用分子公司来履行合同，在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性角度
合同变更的合法性：
- 中标后，原合同双方（即招标方和中标方）有权就合同的履行主体进行协商变更。这种变更属于合同内容的变更，只要双方达成一致，并且不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
- 分子公司作为中标方的关联方，如果中标方愿意并有能力通过其分子公司来履行合同，且招标方同意，那么这种变更就是有效的。
分子公司的法律地位：
- 分子公司虽然不是独立的法人（除非是分公司以自己名义独立经营并承担责任的情况，但通常分子公司指子公司时为独立法人），但如果是子公司，则具有独立的法人资格，可以独立承担民事责任。
- 如果是分公司，其民事责任由总公司承担，但分公司可以在总公司授权范围内从事经营活动。因此，在分子公司（无论是子公司还是分公司）具备相应资质和能力的情况下，可以成为合同的履行主体。
注意事项角度
资质与能力：
- 分子公司必须具备履行合同所需的资质和能力。例如，如果合同涉及特定的专业资质或技术要求，分子公司必须拥有相应的资质证书和技术能力。
- 如果分子公司不具备这些条件，那么将其作为合同履行主体可能会导致合同无法履行或履行不符合要求，从而引发纠纷。
招标方的同意：
- 任何关于合同履行主体的变更都必须得到招标方的明确同意。招标方有权对合同履行主体的变更进行审查，并确保变更后的主体能够满足合同的要求。
- 如果招标方不同意变更，那么中标方不能单方面将合同履行主体变更为其分子公司。
合同条款的明确性：
- 在协商变更合同履行主体时，双方应明确变更后的权利义务关系，包括但不限于履行期限、质量标准、付款方式等。
- 这些条款应详细、明确地写入合同或补充协议中，以避免后续因条款不清而引发的纠纷。
法律后果角度
- 合法变更的后果：如果双方协商一致并符合上述条件，将合同履行主体变更为分子公司是合法的，不会引发法律纠纷。双方应继续按照变更后的合同履行各自的义务。
- 违法变更的后果：如果未经招标方同意或分子公司不具备履行合同所需的资质和能力，而单方面将合同履行主体变更为分子公司，则可能构成违约。招标方有权要求中标方继续履行原合同或承担违约责任。
建议：在中标后双方协商用分子公司来履行合同时，务必确保分子公司具备相应的资质和能力，并得到招标方的明确同意。同时，双方应签订补充协议明确变更后的权利义务关系。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。