当施工单位不按照专案方案进行施工时，会面临一系列的处罚措施，这些措施旨在确保工程的安全、质量以及维护各方的合法权益。以下是对此问题的详细解答：
一、建设单位与监理单位的应对措施
立即制止与报告：
- 一旦发现施工单位未按专项方案施工，建设单位和监理单位应立即要求其停止违规行为，以防止情况进一步恶化。
- 监理单位需及时向建设单位报告此情况，确保信息畅通。
发出整改通知：
- 以书面形式向施工单位发出整改通知，明确指出问题所在、违反的条款以及整改期限。
- 整改通知应具体、可操作，确保施工单位了解整改的方向和要求。
监督整改过程：
- 在整改期间，建设单位和监理单位应加强监督，定期检查整改情况。
- 确保施工单位按时完成整改任务，达到专项方案的要求。
进一步措施：
- 若施工单位拒不整改或整改不力，建设单位可根据合同约定采取扣除工程款、解除合同等措施。
- 监理单位则可向上级主管部门报告，请求政府介入处理。
二、政府监管部门的处罚措施
责令停工整改：
- 政府监管部门接到报告或检查发现违规行为后，有权责令施工单位立即停工整改。
- 这是为了保障工程的安全和质量，防止违规行为继续造成损害。
行政处罚：
- 根据《危险性较大的分部分项工程安全管理规定》等相关法律法规，对施工单位进行罚款、暂扣或吊销资质证书、责令停业整顿等行政处罚。
- 具体处罚标准根据违法行为的严重程度而定，如未严格按照专项施工方案组织施工或擅自修改专项施工方案的，可处1万元以上3万元以下的罚款，并暂扣安全生产许可证30日。
记入信用档案：
- 将施工单位的违规行为记入企业信用档案，影响其市场信誉和未来业务承接。
- 信用分降低可能导致施工单位在投标中受限，从而对其业务发展产生负面影响。
三、后续责任追究
民事赔偿责任：
- 因施工单位未按专项方案施工导致工程质量问题或给建设单位、第三方造成损失的，施工单位应承担民事赔偿责任。
- 建设单位可通过协商或诉讼方式要求施工单位进行赔偿。
刑事责任：
- 若违规行为引发重大安全事故，造成人员伤亡或重大财产损失的，相关责任人员可能面临刑事处罚。
- 如重大责任事故罪、工程重大安全事故罪等，这些罪名将依法追究相关责任人员的刑事责任。
四、综合建议
- 沟通与合作：首先尝试与施工单位进行沟通，明确指出问题并要求整改。同时，与监理单位紧密合作，共同监督施工质量。
- 证据收集：在采取措施前，务必收集充分的证据材料，如施工记录、现场照片、视频等，以支持后续的主张和投诉。
- 法律咨询：在处理过程中，建议咨询专业的法律顾问或律师，以确保权益得到充分保护，并制定合适的应对策略。
- 安全意识：在确保自身安全的前提下进行处理，避免因施工单位的违规行为而遭受伤害。
综上所述，当施工单位不按专案方案施工时，会面临来自建设单位、监理单位以及政府监管部门的严厉处罚。这些处罚措施旨在确保工程的安全、质量以及维护各方的合法权益。因此，施工单位应严格遵守专项方案进行施工，以避免不必要的法律风险和经济损失。