将初创合伙公司的公章与法人章放在一起，确实存在一定的风险，这些风险主要涉及公司管理、法律责任和内部控制等方面。以下是对这些风险的详细分析：

一、管理风险

1. 使用混乱：公章和法人章都是公司重要的法律文件签署工具，具有极高的法律效力。如果两者放在一起，且没有明确的保管和使用制度，可能会导致在需要盖章时，无法迅速区分并找到正确的印章，从而影响公司业务的正常进行。

2. 保管不当：公章和法人章放在一起，如果保管不善，如丢失、被盗或损坏，将对公司造成极大的损失。因为印章的丢失或被盗可能被不法分子利用，进行非法活动，如签订虚假合同、骗取财物等，这将严重损害公司的声誉和利益。

二、法律责任风险

1. 表见代理风险：如果公章和法人章被不法分子获取并滥用，可能构成表见代理。即第三人基于合理信赖，认为持有印章的人有权代表公司进行法律行为，而公司可能因此承担不利的法律后果。例如，不法分子可能利用印章签订对公司不利的合同，导致公司承担违约责任或赔偿责任。

2. 内部人员滥用风险：如果公章和法人章放在一起，且内部管理不严，可能存在内部人员滥用印章的风险。如员工利用职务之便，私自使用印章进行个人活动或谋取私利，这将给公司带来极大的法律风险和经济损失。

三、内部控制风险

1. 制度缺失：公章和法人章放在一起，如果没有建立完善的印章管理制度，如印章的刻制、使用、保管和废止等流程不明确，将导致公司内部控制失效。这可能引发一系列的管理问题和法律风险，如印章滥用、丢失或被盗等。

2. 监督缺失：如果公司没有建立有效的印章使用监督机制，如印章使用登记、审批和复核等流程不完善，将无法及时发现和纠正印章使用中的问题。这可能导致印章被滥用或误用，从而给公司带来不必要的损失。

建议与措施

1. 建立印章管理制度：公司应制定完善的印章管理制度，明确印章的刻制、使用、保管和废止等流程。同时，应指定专人负责印章的保管和使用，并建立印章使用登记和审批制度。

2. 分离保管：为了降低风险，建议将公章和法人章分离保管。可以分别由不同的部门或人员负责保管，并建立严格的印章交接和使用登记制度。

3. 加强内部控制：公司应加强内部控制，建立有效的印章使用监督机制。如定期对印章使用情况进行检查和审计，及时发现和纠正印章使用中的问题。

4. 提高法律意识：公司应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和风险意识。让员工了解印章的重要性和法律效力，以及滥用印章可能带来的法律后果。

初创合伙公司在管理公章和法人章时，应充分考虑上述风险，并采取相应的措施进行防范。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。