公司规定奖惩制度减发工资是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若公司未制定合法有效的规章制度：
- 根据相关法律规定，公司若没有设立相关的规章制度来监管员工的违规行为，那么针对这些行为所作出的惩罚，包括减发工资，是缺乏根基与合法性的。因为公司并不属于行政执法机关，实际上没有罚款的权利，通常所说的罚款，实际含义可能是在工资中扣除相应的部分作为惩罚。若没有合法有效的规章制度作为依据，这种减发工资的行为就是不合法的。
若公司已制定合法有效的规章制度：
- 如果公司已经设定了明确而完善的制度规范来约束员工行为，并且这些规章制度是经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定的，那么当员工出现违反公司制度的情况时，用人单位就有依据在规章制度或者企业的奖惩机制中，对于此类不当行为采取一定程度的处罚措施，包括减发工资。但需要注意的是，这种处罚措施应当合理且适度，不能违反法律法规的强制性规定，也不能侵犯员工的合法权益。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当遵循法定程序，确保规章制度的合法性和有效性。
- 对于员工而言，如果认为公司的减发工资行为不合法，可以首先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应当确保规章制度的合法性和有效性，避免因为规章制度不合法而导致减发工资等行为被认定为违法。同时，公司也应当合理行使处罚权，确保处罚措施合理且适度，不侵犯员工的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司未制定合法有效的规章制度而减发工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，员工也有权要求公司补发被减发的工资，并可能要求公司支付经济补偿金。
- 如果公司已制定合法有效的规章制度但减发工资行为不合理或适度，也可能面临员工的投诉或劳动仲裁申请，导致公司需要承担相应的法律责任。
因此，公司在制定和执行奖惩制度时，应当确保规章制度的合法性和有效性，并合理行使处罚权。员工在遇到减发工资等问题时，也应当了解自己的合法权益，并寻求合法的维权途径。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。