针对您提出的“如果员工跟公司是劳动关系，但公司跟员工签的是合作协议，员工应如何维权”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即便公司与员工签订的是合作协议，但如果双方实际构成的是劳动关系，那么该合作协议在实质上可能被视为劳动合同的一种变体或替代，员工依然享有劳动法规定的各项权益。当员工认为自身权益受到侵害时，可以采取以下维权途径：

1. 友好协商：

   • 员工可以主动与公司进行沟通，就合作协议中的相关条款以及实际工作中的问题进行交流。
   • 明确双方对合同或协议的理解差异，找出争议的核心问题，并尝试通过友好协商达成和解。这是最为便捷且成本较低的解决方式。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门反映情况。
   • 劳动监察部门会对公司进行调查，查看公司是否存在违反劳动法律法规的行为，如未依法为员工缴纳社保、未按规定支付工资或加班工资、未提供必要的劳动条件等。
   • 一旦发现问题，劳动监察部门会依法对公司进行处理，并可能要求公司纠正违法行为，赔偿员工损失。

3. 申请劳动仲裁：

   • 员工也可以选择向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
   • 在申请时，员工需要准备好合作协议（虽名为合作协议，但实质可能构成劳动合同）、工作证、工资条、考勤记录等能证明劳动关系和权益受损的相关证据。
   • 仲裁机构会依据事实和法律规定作出裁决，如果员工对仲裁结果不满意，还可以在规定的时间内向法院提起诉讼。

4. 注意证据收集与保留：

   • 在整个维权过程中，员工务必注意收集和保留各类证据，包括但不限于合作协议、工作记录、工资支付凭证、沟通记录等。
   • 这些证据将有助于员工更好地支撑自己的主张，切实保障自身合法权益。

5. 寻求专业法律帮助：

   • 如果员工对法律程序不熟悉或认为自身权益受到严重侵害，可以考虑寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工更有效地维护自身权益。

综上所述，即便公司与员工签订的是合作协议，但如果双方实际构成劳动关系，员工依然可以通过友好协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等途径来维护自身权益。在整个过程中，员工应注意收集和保留证据，并可以考虑寻求专业法律帮助。