政府采购履约保证金扣除的情形主要包括以下几种：
未按合同履行义务：
- 若供应商未按照合同约定的时间、质量、数量等要求履行义务，如工期延误、工程质量不达标、提供的货物或服务不符合合同约定的标准等，采购人有权扣除部分或全部履约保证金。例如，在建筑工程项目中，如果承包商未能在规定时间内完成工程，采购方可以依据合同条款扣除相应的履约保证金。
违反合同特定条款：
- 合同中可能包含一些特定的条款，如不得转包、分包需经采购人同意等。若供应商违反这些特定条款，如私自转包或未经采购人同意进行分包，采购人有权扣除履约保证金。
放弃中标或拒签合同：
- 如果供应商在中标后无故放弃中标项目或拒不与采购人签订合同，采购人同样可以扣除其履约保证金。这种行为严重影响了政府采购活动的正常进行，因此采购人有权采取相应的惩罚措施。
提出附加条件或更改合同实质性内容：
- 供应商在签订合同时提出附加条件或试图更改合同实质性内容，如改变价格、付款方式、交货时间等关键条款，且未经采购人同意，采购人有权扣除履约保证金。这种行为破坏了合同的公平性和稳定性，采购人有权维护自身权益。
给采购人造成损失：
- 如果供应商的违约行为给采购人造成了经济损失或其他损害，采购人不仅有权要求赔偿，还可以根据合同约定扣除履约保证金作为赔偿的一部分。这体现了履约保证金对采购人损失的补偿功能。
在扣除履约保证金时，采购人应遵循以下程序和要求：
- 及时通知：采购人在扣除履约保证金前，应及时书面通知供应商，明确扣除原因、依据及金额。这有助于供应商了解扣除情况，并有机会进行申诉或解释。
- 证据留存：采购人需妥善保存证明供应商违约及扣除必要性的相关证据，如质量检测报告、工期记录、往来函件等。这些证据是扣除履约保证金的重要依据，也是后续可能发生的争议解决的关键。
- 公平合理：扣除履约保证金应遵循公平、合理的原则，确保扣除金额与供应商的违约行为及造成的损失相匹配。不得设置过于苛刻或不合理的扣除条件，以免损害供应商的合法权益。
此外，还需要注意以下几点：
- 扣除履约保证金应严格依据合同约定和法律规定进行，不得随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
- 若双方对履约保证金的扣除存在争议，应通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径解决纠纷。在争议解决过程中，双方应充分举证、质证，确保争议得到公正、合理的处理。
在实际操作中，政府采购双方应充分了解合同条款和法律规定，明确各自的权利和义务，以避免不必要的争议和损失。如果您在政府采购履约保证金扣除方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。