单位付款时付款金额与合同金额、发票金额不一致，可能违反以下规定：
民事法律层面：
- 合同约定：根据《中华人民共和国民法典》，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。合同金额是双方协商确定的交易价格，若付款金额与合同金额不一致，可能构成违约行为。受损方有权依据合同约定要求对方承担违约责任，如继续履行、采取补救措施或赔偿损失等。
- 实际交易原则：在民事诉讼中，一般按照实际发生的金额来确定交易价值。但若实际付款金额与合同金额、发票金额均不一致，可能引发关于实际交易金额的争议，增加诉讼成本和风险。
税务法律层面：
- 发票管理规定：根据《中华人民共和国发票管理办法》，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票。发票金额应与实际交易金额一致，否则可能涉嫌税务违规。
- 偷税漏税风险：若合同金额高出发票金额，且付款金额与发票金额一致，可能涉嫌偷税漏税。因为发票金额低于实际交易金额，导致企业应纳税额减少，违反税收征收管理规定。
- 虚开发票风险：若合同金额低于发票金额，且付款金额与合同金额一致，可能涉嫌虚开发票。虚开发票是严重的税务违规行为，可能构成犯罪，税务机关可没收违法所得，并根据虚开金额处以不同额度的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
财务法律层面：
- 财务核算准确性：根据《企业财务会计报告条例》，企业应根据真实的交易、事项及完整、准确的账簿记录编制财务会计报告。发票金额与付款金额、合同金额不一致，可能导致财务数据失真，影响财务报表的真实性和可靠性。
- 监管处罚风险：企业可能因财务报告存在虚假记载而受到财政部门等监管机构的处罚，包括罚款、警告等，甚至可能影响企业的信用评级和融资能力。
建议与措施：
- 及时核对与沟通：发现付款金额与合同金额、发票金额不一致时，应及时与对方沟通，查明原因并协商解决方案。
- 调整账务处理：根据实际情况调整账务处理，确保财务数据的准确性和合规性。如属于发票开具错误，应要求对方重新开具正确金额的发票或补开发票。
- 保留沟通记录：在整个处理过程中，务必保留与对方的沟通记录，包括电话记录、邮件往来、聊天记录等，以备后续需要作为证据使用。
- 加强内部管理：建立健全的财务管理制度，确保发票的合规性及其与合同金额、付款金额的一致性。加强员工培训，提高法律意识和风险防范能力。
后续行动指南：
- 若对方拒不配合或存在欺诈行为，可向税务机关投诉或向法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
- 在处理此类问题时，建议咨询专业的财务或税务人员，以确保处理的准确性和合规性。
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