拆迁协议超过三年并不必然导致无法办理相关事宜，其有效性需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一、拆迁协议的有效性

1. 依法订立的合同自成立时生效：拆迁协议作为合同的一种，只要订立过程符合法律规定，双方意思表示真实，内容不违反法律法规的强制性规定，就是有效的，其效力和时间长短无关。
2. 协议效力不受时间影响：除非出现法定无效情况，如欺诈胁迫损害国家利益、恶意串通损害他人利益、以合法形式掩盖非法目的、损害公共利益、违反法律法规的强制性规定等，否则协议效力不受时间影响。
3. 约定有效期的情况：如果拆迁协议中约定了有效期，且三年已超出该期限，那么协议可能因超过约定的有效期而无效。但这种情况需要具体查看协议中的相关条款。

二、拆迁协议超过三年的处理

1. 查看协议条款：首先，应仔细查看拆迁协议中是否约定了有效期。如果未约定，则协议在符合上述有效条件的情况下，依然有效。
2. 协商与调解：如果因时间过长导致双方对协议内容产生争议，可以尝试通过友好协商或向相关调解机构申请调解的方式解决。
3. 法律途径：如果协商和调解均无法解决问题，且协议确实存在可撤销或无效的情形（如欺诈、胁迫等），当事人可以在规定的期限内通过法律途径维护自己的合法权益，如向有管辖权的人民法院提起诉讼。

三、特殊情况下的诉讼时效

• 一般诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。但这并不意味着超过三年协议就必然无效，而是指在超过三年后，如果权利人未行使权利，对方可能会以诉讼时效已过为由进行抗辩。
• 最长诉讼时效：自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：在处理拆迁协议相关事宜时，务必保留好协议原件及相关沟通记录等证据，以便在必要时作为维权依据。
2. 及时咨询：如果对拆迁协议的有效性或处理方式存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取法律意见。
3. 遵守法律程序：在处理拆迁协议纠纷时，应遵守法律程序，避免采取过激行为导致法律后果。

如果有任何关于拆迁协议或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。