公司违法员工被抓是否会留案底，主要取决于员工个人的行为是否构成犯罪。具体来说，有以下两种情况：
员工未构成犯罪：
- 如果员工没有违法行为，或者其违法行为不构成犯罪，那么员工通常不会留下案底。这种情况下，员工可能只会受到行政处罚，例如行政拘留或罚款，而不会面临刑事指控。行政拘留和罚款等行政处罚不会留下犯罪记录，即不会形成案底。
员工构成犯罪：
- 如果员工的违法行为构成了犯罪，并且被依法追究刑事责任，那么员工就会留下案底。案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，这种记录会存放在公安部门与相关国家机关，并可能对员工未来的生活和职业发展产生影响。例如，员工可能因犯罪记录而在就业、晋升、出国等方面受到限制。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国刑法》第十三条，一切危害社会的行为，依照法律应当受刑罚处罚的，都是犯罪。因此，员工应当时刻注意自身的行为是否符合法律规定，避免因违法行为而留下案底。
- 如果员工所在公司存在违法行为，员工应当保持警惕，避免参与或协助公司的非法活动。如果员工对公司的违法行为有所察觉，应当及时向有关部门举报，以保护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果员工因公司违法行为而被牵连，并最终被认定构成犯罪，那么员工将面临刑事处罚，并留下案底。这不仅会影响员工的个人声誉和职业发展，还可能对员工的家庭和社会关系产生负面影响。
- 相反，如果员工能够证明自己并未参与公司的违法行为，或者自己的行为并未构成犯罪，那么员工将不会留下案底，也不会面临刑事处罚。
总结与提醒：
- 员工是否会留案底，主要取决于其自身的行为是否构成犯罪。因此，员工应当严格遵守法律法规，避免参与任何非法活动。
- 如果员工对公司违法行为有所察觉或担忧，建议及时咨询专业律师，以了解自己的法律权益和风险，并采取相应的法律措施保护自己。
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