实际车主与登记车主签订买卖协议，在符合法律规定的情况下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议合法性的基本前提

1. 真实意思表示：双方签订买卖协议时，必须基于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议合法有效的基本前提。

2. 合法标的：协议所涉及的车辆必须是合法拥有的，不存在权属争议或违法情况。例如，车辆不能是盗抢车、拼装车等。

3. 遵守法律法规：协议内容必须遵守国家法律法规，不得违反公序良俗。例如，协议中不能约定非法交易、逃税等违法内容。

二、实际车主与登记车主的身份关系对协议合法性的影响

1. 实际车主与登记车主一致：如果实际车主与登记车主是同一人，那么签订买卖协议自然是合法的，因为车主有权处分自己的财产。

2. 实际车主与登记车主不一致：

   • 合法授权或委托：如果实际车主通过合法授权或委托的方式，让登记车主代为签订买卖协议，且该授权或委托是真实有效的，那么协议也是合法的。例如，实际车主因故无法亲自签订协议，委托登记车主代为办理，并出具了合法的委托书。
   • 无权处分：如果登记车主未经实际车主同意，擅自以自己的名义签订买卖协议，将车辆出售给第三方，这可能构成无权处分。在这种情况下，协议的效力可能会受到质疑，除非实际车主事后追认或第三方构成善意取得。

三、协议签订后的法律后果

1. 协议有效：如果协议符合上述合法性的基本前提，且双方均按照协议履行了各自的义务，那么协议是有效的，对双方均具有法律约束力。

2. 协议无效或可撤销：如果协议存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，或者违反了法律法规的强制性规定，那么协议可能是无效的或可撤销的。在这种情况下，受损方有权要求撤销协议或确认协议无效，并追究对方的法律责任。

四、建议与风险提示

1. 核实身份与权属：在签订买卖协议前，务必核实实际车主与登记车主的身份和权属情况，确保协议签订的主体合法。

2. 完善协议内容：协议内容应详细、明确，包括车辆的基本信息、交易价格、付款方式、交付时间、违约责任等条款，以避免后续纠纷。

3. 办理过户手续：协议签订后，应及时办理车辆过户手续，将车辆的所有权转移至买方名下，以确保交易的合法性和安全性。

4. 咨询专业律师：如果您在签订或履行买卖协议过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以维护您的合法权益。

在实际操作中，为确保交易的合法性和安全性，建议您在签订买卖协议前进行充分的调查和准备，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。