挂靠公司工程款一般应退还给实际施工人，但具体退还对象需根据合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定优先
若挂靠协议明确约定工程款归属：
- 挂靠协议是挂靠人与被挂靠公司之间就挂靠事宜达成的合意，若协议中明确约定了工程款的归属（如归挂靠人所有），则被挂靠公司应按照协议约定将工程款退还给挂靠人。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百六十五条：“依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。”因此，合同约定对双方具有法律约束力。
若挂靠协议未约定或约定不明：
- 若挂靠协议未对工程款归属作出明确约定，或约定不明导致双方产生争议，则需根据实际履行情况、行业惯例及法律规定进行判断。
二、实际履行情况
实际施工人完成工程：
- 若实际施工人（通常为挂靠人）完成了工程，且工程经验收合格，则其有权获得工程款。此时，被挂靠公司应将工程款退还给实际施工人。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第七百九十九条：“建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。”
被挂靠公司参与工程管理：
- 若被挂靠公司不仅提供资质，还实际参与了工程管理（如提供材料、设备、技术等），则可能根据其投入情况享有部分工程款。但此时需明确双方的权利义务，避免产生争议。
三、法律规定及司法实践
禁止挂靠的法律规定：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第二十六条：“承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。”因此，挂靠行为本身是违法的，但工程款归属问题仍需根据实际情况判断。
司法实践中的处理原则：
- 在司法实践中，法院通常会根据挂靠协议的约定、实际履行情况、双方过错程度等因素，综合判断工程款的归属。若挂靠协议无效（因违反法律强制性规定），但工程经验收合格，法院可能会参照协议约定或根据公平原则，判决被挂靠公司向实际施工人支付工程款。
四、建议与风险提示
完善挂靠协议：
- 为避免争议，挂靠人与被挂靠公司应在挂靠协议中明确约定工程款的归属、支付方式、违约责任等条款。
保留证据：
- 双方应保留与工程款相关的所有证据（如合同、发票、付款凭证、验收报告等），以便在发生争议时提供证明。
及时咨询律师：
- 若发生工程款争议，建议及时咨询专业律师，了解自身权利义务，制定合理的维权策略。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。