机动车非法改装门店的查处工作，主要由县市场监督管理局负责。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与责任主体

根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，擅自生产、销售未经国家机动车产品主管部门许可生产的机动车型，或者生产、销售拼装的机动车、擅自改装的机动车的行为，均属于违法行为。对于这类行为，法律明确规定了由工商行政管理部门（现多已整合至市场监督管理局）进行查处。具体来说，市场监督管理局有权对非法改装门店进行立案、调查、审查，并作出相应的行政处罚决定，如没收非法产品、罚款、吊销营业执照等。

查处流程与责任

市场监督管理局在查处机动车非法改装门店时，会遵循一系列严格的流程：

1. 立案责任：发现涉嫌非法改装的违法行为后，市场监督管理局会进行审查，并决定是否立案。
2. 调查责任：立案后，会指定专人负责，及时组织调查取证。调查过程中，执法人员会出示执法证件，听取当事人的辩解陈述，并作记录。
3. 审查责任：对案件调查报告进行审查，包括违法事实、证据、调查取证程序、法律适用等方面，提出处理意见。
4. 告知责任：在作出行政决定前，会制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。
5. 决定责任：制作行政决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或听证情况等内容。
6. 送达责任：将行政处罚文书按照法定方式送达当事人。
7. 执行责任：依照生效的行政处罚决定书，执行相应的行政处罚。

可能的法律后果

对于非法改装门店，市场监督管理局会根据违法情节的轻重，作出相应的行政处罚。这些处罚可能包括没收非法改装的机动车及配件、罚款（罚款金额可能达到非法产品价值的三倍以上五倍以下）、吊销营业执照等。在严重情况下，如果非法改装行为导致了交通事故或其他严重后果，相关责任人还可能面临刑事责任的追究。

建议与提醒

作为机动车车主或消费者，应增强法律意识，避免选择非法改装门店进行车辆改装。同时，如果发现身边有非法改装门店存在，应及时向市场监督管理局举报，以维护自身的合法权益和公共安全。

如果您在交通运输领域遇到任何法律问题，或者对机动车非法改装等相关法律条款有疑问，都可以直接向我咨询。我会运用我的专业知识和经验，为您提供全面、准确的法律解答和建议。