孕晚期请病假扣工资是否合理及如何扣除，需结合具体情况判断，核心结论如下：

1. 若病假符合法定医疗期且手续齐全，单位不得随意扣减工资
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，孕晚期女性因身体原因需休病假的，若提供医院出具的病假证明（如诊断书、病假条），且病假时长在法定医疗期内（通常为3-24个月，具体根据工龄确定），单位应按以下标准支付工资：

   • 连续工龄不满10年：支付不低于本人工资的70%；
     
   • 连续工龄满10年及以上：支付不低于本人工资的80%。
     若单位未按此标准支付，属于违法克扣工资，劳动者可要求补发差额。
     

2. 若病假手续不全或超出医疗期，单位可能扣减工资

   • 手续不全：如未提供医院证明或证明不符合要求，单位可能按事假处理（不支付工资），但需在规章制度中明确规定并告知劳动者。
     
   • 超出医疗期：若病假时长超过法定医疗期，单位可依法解除劳动合同，但需支付经济补偿金；若继续留用，工资支付标准可由双方协商，但不得低于当地最低工资标准的80%。
     

3. 地方性规定可能影响工资扣除标准
   部分地区（如上海、北京）对病假工资有更高要求，例如上海规定病假工资不得低于当地最低工资标准的100%（具体比例根据工龄递增）。建议结合所在地区政策进一步核实。

行动建议：

• 保留医院出具的病假证明、工资条等证据；
  
• 若单位扣减工资不合理，可先与单位协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
  
• 孕晚期劳动者属特殊保护群体，单位不得以“不能胜任工作”等理由单方解除劳动合同（除非符合法定情形）。
  

如有具体案例或地区差异问题，可进一步向我说明，我会结合细节为您分析。