在工程项目竣工前，如果承包人已经提交了履约保函，那么发包人通常是不能同时扣留质量保证金的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与规定

根据相关规定，在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。这一规定旨在避免对承包人进行双重担保，减轻其资金压力。如果采用了工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式，发包人同样不得再预留保证金。

二、质量保证金的扣留方式

质量保证金的扣留方式主要有两种：

1. 逐次扣留：即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留。但在承包人已提交履约保函的情况下，这种方式可能与相关规定发生冲突。
2. 一次性扣留：即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。从合法性考虑，如果承包人已提交履约保函，发包人应尽量采用这种方式扣留质保金。

三、实际操作建议

1. 合同审查：在签订合同时，双方应明确质量保证金的扣留方式，并确保合同内容符合相关法律法规的规定。
2. 沟通与协商：如果合同中未明确规定或存在争议，双方应及时进行沟通与协商，以达成一致意见。
3. 法律途径：如果无法通过沟通与协商解决问题，双方可以寻求法律途径解决争议，如通过仲裁或诉讼等方式。

四、可能的法律后果

如果发包人在承包人已提交履约保函的情况下仍然扣留质量保证金，可能面临以下法律后果：

1. 合同违约：发包人的行为可能构成合同违约，需要承担违约责任。
2. 行政处罚：根据相关规定，发包人可能面临行政处罚，如罚款等。
3. 民事赔偿：如果发包人的行为给承包人造成了损失，承包人还有权要求发包人进行民事赔偿。

建议：在实际操作中，发包人应严格遵守相关法律法规的规定，避免在承包人已提交履约保函的情况下扣留质量保证金。如果双方对质量保证金的扣留方式存在争议，应及时进行沟通与协商，以达成一致意见。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。