诈骗案主犯被判刑后，底层员工是否会被查，取决于员工是否参与犯罪及参与程度。以下是对此问题的详细分析：

一、员工参与犯罪的情况

1. 明知并积极参与：

   • 若底层员工明知公司在进行诈骗活动，仍积极参与并发挥一定作用，如参与策划、实施诈骗手段、协助转移赃款等，则构成诈骗罪的共犯。
   • 在这种情况下，即使主犯已被判刑，司法机关仍会依法追究底层员工的刑事责任，并可能对其进行抓捕。
   • 参与程度不同，量刑也会有所区别。若员工在诈骗中仅起次要或辅助作用，属于从犯，根据《中华人民共和国刑法》第二十七条的规定，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。但这并不意味着免责，仍需对自身行为承担法律责任。

2. 不知情但参与：

   • 若员工不知情，但从事了与诈骗活动相关的工作，如提供技术支持、客户服务等，且这些工作在客观上促进了诈骗活动的进行，司法机关在认定时可能会综合考虑其行为的性质、后果及主观故意等因素。
   • 在这种情况下，员工可能不构成诈骗罪的共犯，但若其行为触犯了其他法律条款，如帮助信息网络犯罪活动罪等，仍可能面临法律责任。

二、员工未参与犯罪的情况

• 若底层员工确实不知情，仅从事普通工作且未实施任何与诈骗相关的行为，则不构成犯罪。
• 在这种情况下，司法机关不会对其进行抓捕或追究刑事责任。

三、司法机关的认定标准

• 司法机关在认定底层员工是否构成犯罪时，会综合考虑其在诈骗活动中的行为、主观故意、参与程度等多方面因素。
• 例如，司法机关会审查员工的工作内容、是否获取异常高额报酬、对诈骗行为是否有明显异常反应等证据，以判断其是否知情并参与犯罪。

四、法律建议

• 对于底层员工而言：若发现自己所在的公司或团队存在诈骗行为，应立即停止参与并尽快向司法机关举报。同时，保留好相关证据，如工作记录、聊天记录等，以证明自己的清白。
• 对于已涉案的底层员工：应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。同时，可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。

总结来看，诈骗案主犯被判刑后，底层员工是否会被查取决于其是否参与犯罪及参与程度。司法机关在认定时会综合考虑多方面因素，并依法作出处理。因此，底层员工应增强法律意识，避免参与任何违法犯罪活动。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。