村合作社将村合法鱼塘发包，政府部门是否有权干涉，需视具体情况而定，但一般情况下，政府部门在特定情形下是有权进行干涉的。以下从不同角度进行分析：

1. 合法发包且程序合规时

若村合作社将鱼塘发包给本村村民或符合法律规定的承包方，且发包程序（如村民会议或村民代表会议讨论通过、公开招标等）完全符合《农村土地承包法》及相关法律法规的规定，那么政府部门通常无权直接干涉。此时，发包行为是村集体经济组织自主行使权利的表现，政府部门应尊重其自主性。

2. 发包行为存在违法或违规情形时

• 违反法律法规：如果发包行为违反了《农村土地承包法》中关于承包方资格、承包程序、承包期限等规定，或者违反了其他相关法律法规（如环境保护法、水资源管理法等），政府部门有权进行干涉。例如，若发包行为导致水资源污染或破坏，环保部门或水务部门可能会介入。
• 损害集体利益：若发包行为损害了村集体或其他村民的合法权益，如以明显低于市场价的价格发包，或者发包给不具备承包资格的主体，政府部门在接到举报或发现后，也有权进行调查并采取相应的纠正措施。
• 未履行审批或备案手续：根据相关规定，某些类型的土地发包可能需要经过政府部门的审批或备案。若村合作社未履行这些手续，政府部门有权要求其补办或采取其他措施。

3. 政府部门干涉的方式与限度

政府部门在干涉时，应遵循法定程序和权限，不得超越法律赋予的职权范围。干涉方式可能包括：

• 要求整改：对于违法或违规的发包行为，政府部门可以要求村合作社停止发包、撤销发包合同或采取其他整改措施。
• 行政处罚：对于严重违法或拒不整改的行为，政府部门可以依法对村合作社或相关责任人进行行政处罚。
• 调解或仲裁：在发包过程中发生纠纷时，政府部门可以介入调解或引导当事人通过仲裁等法律途径解决争议。

4. 建议与注意事项

• 确保发包程序合法合规：村合作社在发包鱼塘前，应仔细研究相关法律法规，确保发包程序合法合规，避免引发不必要的法律纠纷。
• 及时履行审批或备案手续：若发包行为需要经过政府部门的审批或备案，村合作社应及时办理相关手续，以免影响发包的合法性。
• 积极应对政府部门干涉：若政府部门对发包行为提出异议或要求整改，村合作社应积极配合，按照要求进行整改或提供相关证明材料。

总结来说，政府部门在村合作社合法发包且程序合规的情况下通常无权干涉；但在发包行为存在违法或违规情形时，政府部门有权进行干涉并采取相应的纠正措施。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。