这样的判决是无效的。针对您提出的“民事案件书记员自审自记以审判员名义作出判决是非颠倒，这样的判决有效吗”这一问题，我们可以从以下几个角度进行深入分析：

一、法律程序与角色定位

在民事诉讼中，书记员与审判员有着明确的角色分工。书记员主要负责记录庭审过程、整理案卷材料等辅助性工作，而审判员则负责审理案件、作出判决。书记员无权以审判员的名义作出判决，这是法律程序的基本要求，也是保障司法公正的重要一环。

二、判决效力的法律基础

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，判决应当由审判员依法作出，并符合法定程序。如果判决是由非审判员（如书记员）以审判员名义作出的，那么该判决在程序上就存在严重瑕疵，不符合法律规定的生效要件。

三、判决无效的法律后果

1. 程序上的无效：由于判决是由非审判员以审判员名义作出的，该判决在程序上无效。这意味着，该判决自始不具有法律效力，不能作为执行依据。

2. 实体上的影响：虽然判决无效主要涉及程序问题，但也可能对实体权利产生影响。例如，如果当事人已经基于无效判决履行了义务，那么他们有权要求返还或赔偿。

3. 救济途径：对于无效判决，当事人可以通过上诉、申请再审等途径寻求救济。在上诉或申请再审过程中，法院将审查判决的合法性，并依法作出处理。

四、实际操作中的建议

1. 及时提出异议：如果您发现判决是由非审判员以审判员名义作出的，应当及时向法院提出异议，要求法院对判决的合法性进行审查。

2. 保留相关证据：在提出异议的过程中，您应当保留好与案件相关的所有证据，包括庭审记录、判决书等，以便在需要时提供证明。

3. 寻求专业法律帮助：由于法律问题具有复杂性，建议您在处理此类问题时寻求专业律师的帮助。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议，并帮助您维护合法权益。

综上所述，民事案件中书记员自审自记以审判员名义作出的判决是无效的。如果您遇到此类情况，应当及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。