针对您提出的“个体工商户员工自我办理灵活就业保险是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，为职工依法缴纳社会保险费是用人单位的法定义务。根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条的规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这意味着，一旦个体工商户雇佣了员工，就有责任为员工办理社会保险，包括职工基本养老保险、职工基本医疗保险（含生育保险）、工伤保险、失业保险等。

其次，关于灵活就业保险，它主要是为那些没有固定雇主、自主从事个体经营或灵活就业的人员设计的。这类保险通常只包括养老保险和医疗保险，且缴费比例和待遇可能与单位职工有所不同。然而，对于个体工商户雇佣的员工来说，他们并不属于灵活就业人员的范畴，因此不能自行以灵活就业身份参保，而应该通过个体工商户这个用人单位来参保。

再来看个体工商户的参保情况。如果个体工商户有雇工，那么经营者本人可以选择在个体工商户单位参保或者以个人身份参保。但如果在个体工商户单位参保，就需要参加养老、失业、医疗、生育保险等。而如果个体工商户没有雇工，经营者本人则只能以灵活就业人员个人身份选择参加养老、失业或一档医疗保险。但这里的关键是，这种选择仅适用于经营者本人，而不适用于其雇佣的员工。

最后，需要强调的是，单位不得以任何违规形式自行让员工以灵活就业方式缴纳社会保险费。这种做法不仅违反了法律规定，也可能损害员工的合法权益。

综上所述，个体工商户员工不能自我办理灵活就业保险。作为用人单位，个体工商户有责任为员工办理社会保险，确保员工的合法权益得到保障。如果员工有任何关于社会保险的疑问或需求，建议及时与个体工商户沟通，并咨询当地的社会保险经办机构以获取更准确的信息和指导。