公司申请破产后，员工的工资由破产财产进行清偿。具体来说，当公司进入破产程序时，其财产将由法院指定的管理人进行清算和变现，并按照法定顺序进行清偿。以下是关于这一问题的详细解答：
一、破产财产清偿顺序
根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，将依照下列顺序进行清偿：
职工债权：这包括破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。这部分债权体现了对劳动者权益的优先保护。
社会保险费用和税款：在清偿完职工债权后，破产财产将用于清偿破产人欠缴的社会保险费用和税款。这部分费用关乎社会公共利益和职工未来的保障，以及国家财政收入的重要来源。
普通破产债权：指除上述优先债权之外的其他债权，如公司与其他企业间的货款、借款等。若破产财产不足以清偿同一顺序的债权，将按比例进行分配。
二、管理人职责
在公司破产过程中，管理人扮演着至关重要的角色。他们负责全面清理公司的财产，包括清查公司的各类资产、账目等；对财产进行专业的评估，确定其实际价值；再通过合适的方式将财产变现，比如拍卖、转让等。之后，管理人会按照法定的清偿顺序来分配这些财产，从而支付员工工资和其他债权。
三、员工维权途径
若公司的破产财产不足以支付全部员工的工资，或者存在拖欠工资等争议情况，员工可以通过以下合法途径来维护自己的权益：
申请劳动仲裁：员工可以向当地的劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资和其他相关费用。
向法院提起诉讼：如果劳动仲裁未能解决问题，员工还可以向法院提起诉讼，通过司法程序来维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的责任分担
虽然通常情况下公司以其全部财产对债务承担责任，但在某些特殊情形下，股东或其他相关方也可能需要对公司债务承担额外责任。例如，如果股东存在出资不实或抽逃出资的情况，他们需要在未出资或抽逃出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。
建议：作为员工，在公司破产过程中应密切关注破产程序的进展，及时与管理人沟通并了解自己的债权情况。如果发现自己的工资被拖欠或存在其他争议情况，应尽快通过合法途径来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。