结论：一般情况下，用人单位无权直接对员工违法卫生制度的行为进行罚款，但在特定情形下可通过合法途径实现类似管理目的。以下从不同角度展开分析：

1. 法律层面：用人单位罚款权的限制

根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位并非行政执法机关，不享有对员工的罚款权。原《企业职工奖惩条例》（已废止）曾允许企业罚款，但现行法律已明确取消该权力。若用人单位直接以“违法卫生制度”为由扣减工资，可能涉及以下违法情形：

• 克扣工资：根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意克扣劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失（且扣除部分不得超过当月工资的20%）。
• 未依法制定规章制度：若用人单位以“罚款”名义处罚员工，但规章制度未经民主程序（如职工代表大会讨论）或未公示，可能被认定为无效。

2. 合法替代方案：通过规章制度实现管理目的

虽然不能直接罚款，但用人单位可通过以下合法方式约束员工行为：

• 制定合法有效的规章制度：明确卫生标准及违反的后果（如警告、记过、解除劳动合同等），但需满足：
  • 内容合法（不违反法律强制性规定）；
  • 程序合法（经民主程序制定并公示）；
  • 处罚与违规行为程度相当（如轻微卫生问题可警告，严重污染环境可解除合同）。
• 经济赔偿的合法途径：若员工因故意或重大过失导致公司财产损失（如污染设备、引发传染病等），用人单位可要求赔偿，但需证明损失与员工行为的因果关系，且赔偿金额需合理。

3. 实务建议：如何合法处理员工违法卫生制度行为

• 优先通过教育整改：对轻微违规（如未及时清理个人工位），可要求员工立即整改并口头警告。
• 依规处分：对严重违规（如故意污染公共区域、拒不执行卫生防疫要求），可依据规章制度给予警告、记过甚至解除劳动合同。
• 避免直接扣款：若需经济处罚，可通过绩效扣分影响奖金，而非直接罚款。

总结：用人单位不能直接对员工违法卫生制度的行为罚款，但可通过合法制定的规章制度进行处分，或在员工造成实际损失时依法追偿。如有具体案例或制度条款需要审查，可直接向我提问。