针对您提出的“存量违法占用耕地怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您提供一个详细且有条理的解答。

一、明确法律依据与责任

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》的相关规定，任何单位和个人未经批准都不得擅自占用耕地进行非农业建设。违法占用耕地者，可能需要承担行政责任、民事责任，甚至刑事责任。这一法律规定为我们后续的处理提供了坚实的法律基础。

二、收集确凿证据

在处理违法占用耕地的问题时，收集确凿的证据是至关重要的。您可以采取以下措施来收集证据：

1. 影像资料：利用拍照、录像等手段记录违法现场，包括占用的面积、土地现状（如建筑物、非适宜作物等）及施工情况。
2. 书面材料：搜集与违法行为相关的文件，如土地承包合同、相关通知和公告等。
3. 证人证言：寻找知情人士，记录其证言以证明违法事实。

三、采取具体行动

在收集了足够的证据后，您可以根据实际情况选择以下一种或多种方式来处理违法占用耕地的问题：

1. 尝试协商解决：

   • 与违法者进行沟通，指出其行为的违法性及可能后果，要求其停止并恢复耕地原状。这种方法适用于轻微或由于误解导致的违法情况。

2. 向相关部门举报：

   • 自然资源主管部门：这是负责土地管理和监督的主要部门。您可以通过12336热线、现场举报或官网在线举报等方式反映问题。
   • 农业农村部门：如果违法占用耕地涉及改变耕地用途或破坏种植条件，您也可以向此部门反映。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼：

   • 如果相关部门未依法处理您的问题，您可以在规定期限内申请行政复议（一般为知道行政行为之日起六十日内）或提起行政诉讼（一般为知道或应知行政行为之日起六个月内）。

4. 提起民事诉讼：

   • 如果违法行为侵害了您的个人土地承包经营权等民事权益，您可以向法院提起民事诉讼，要求停止侵害、排除妨碍、恢复原状及赔偿损失。

5. 追究刑事责任：

   • 如果违法占用耕地数量大且造成严重毁坏，可能涉嫌非法占用农用地罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，可处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。此时，您应向公安机关报案，由司法机关追究刑事责任。

四、寻求专业帮助

在处理过程中，如果您感到力不从心或需要更专业的指导，我建议您咨询或聘请专业律师协助处理。律师的专业知识和经验将为您提供更有力的支持。

总结

面对存量违法占用耕地的问题，我们应积极采取行动，从收集证据到选择适当的处理方式，每一步都需依法进行。通过协商、举报、诉讼等多种途径，我们可以有效维护土地资源的合法权益，促进土地的合理利用和保护。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。