法院已经调解离婚且孩子归女方的情况下，男方仍然可以申请亲子鉴定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
亲子鉴定的法律依据：
- 根据我国相关法律规定，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。这意味着，无论婚姻状况如何，只要存在合理的亲子关系争议，任何一方都有权申请亲子鉴定。
调解离婚不影响亲子鉴定申请：
- 调解离婚是双方通过协商达成离婚协议，并经法院确认的一种离婚方式。它主要解决的是夫妻双方的婚姻关系问题，并不涉及亲子关系的确认或否认。因此，调解离婚后，男方仍然可以就亲子关系提出异议，并申请亲子鉴定。
二、实际操作角度
申请亲子鉴定的程序：
- 男方需要向有管辖权的法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系，并提交相关证据材料，如孩子的出生证明、双方的身份证等。
- 法院在受理案件后，会根据情况决定是否需要进行亲子鉴定。如果法院认为有必要，会委托具有资质的鉴定机构进行亲子鉴定。
亲子鉴定的结果影响：
- 如果亲子鉴定结果证实孩子与男方存在亲子关系，那么男方将承担相应的抚养义务。
- 如果亲子鉴定结果否认孩子与男方的亲子关系，那么男方将不再承担抚养义务，但可能需要考虑其他法律后果，如是否涉及欺诈性抚养等。
三、注意事项与建议
申请亲子鉴定的合理性：
- 男方在申请亲子鉴定前，应充分考虑申请的合理性。如果仅仅是因为对女方的不信任或猜测而申请亲子鉴定，可能会对孩子的成长和家庭关系造成不必要的伤害。
保护孩子权益：
- 在申请亲子鉴定的过程中，应充分考虑孩子的权益和感受。避免在公开场合讨论亲子鉴定事宜，以免对孩子造成心理伤害。
法律后果的承担：
- 男方在申请亲子鉴定前，应了解并承担可能的法律后果。如果亲子鉴定结果证实孩子与男方存在亲子关系，男方将需要承担抚养义务；如果否认亲子关系，则可能需要考虑其他法律责任。
建议：如果您作为男方对亲子关系存在合理异议，并希望申请亲子鉴定，可以先咨询专业律师以了解具体的法律程序和可能面临的法律后果。同时，在申请过程中应充分考虑孩子的权益和感受，避免对其造成不必要的伤害。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。