针对您提出的“实习满三个月了证明只能开实际时间的吗”这一问题，我们需要先明确实习期与试用期在法律定义和实际操作上的区别，再据此给出详细解答。

首先，实习期与试用期在法律性质和目的上存在显著差异。实习期主要是针对在校学生，利用课余时间参与社会实践，以提高自身工作能力和综合素质。在实习期内，学生与用人单位之间签订的是实习协议，而非劳动合同，双方的关系更多是基于劳务合作，而非劳动关系。因此，实习期的时长、薪资待遇等通常由双方自行协商确定，没有明确的法律规定。

而试用期则是用人单位与劳动者在建立劳动关系后，为了相互考察、匹配彼此预期和需求而设定的一段时期。试用期的时长、薪资待遇等都有明确的法律规定，如《劳动合同法》就规定了试用期的上限，以及试用期工资的最低标准。

针对您的问题，如果是指实习期满三个月后开具的实习证明，那么这份证明的内容应当真实反映您的实习时长和实习表现。由于实习期没有明确的法律规定要求必须开具多长时间的证明，因此用人单位通常可以根据您的实际实习情况来开具证明。如果您实际实习了三个月，那么证明上自然应当注明这三个月的实习时长。

然而，如果您所指的是试用期满三个月后的工作证明或转正证明，那么情况就有所不同了。试用期是劳动关系的一部分，其时长和薪资待遇等都有明确的法律规定。在试用期满后，用人单位应当根据您的表现决定是否予以转正，并开具相应的证明。这份证明应当真实反映您的试用期时长、工作表现以及是否转正的情况。

综上所述，无论是实习期还是试用期，开具的证明都应当真实反映您的实际情况。对于实习期满三个月的证明，它应当注明您实际的实习时长；而对于试用期满后的证明，则应当根据您的表现和用人单位的决定来开具。因此，实习满三个月的证明并不只能开实际时间，但应当真实反映您的实习时长。如果用人单位在开具证明时存在不实或违规行为，您可以依法维护自己的权益。