关于签订补助协议与发工资单位不一致的法律责任问题，核心结论在于：这种情况可能涉及多重法律关系，具体责任需根据协议内容、实际履行情况及相关法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议效力与责任主体

1. 协议相对性原则：

   • 补助协议作为民事合同，其效力原则上仅约束协议双方。若补助协议由您与某单位（A单位）签订，但工资由另一单位（B单位）发放，首先需明确的是，A单位作为协议方，应承担协议约定的补助义务。
   • 例外情况：若协议中明确约定或事后双方同意由B单位代为履行补助义务，且B单位实际履行了该义务，则可能构成债务承担或第三人代为履行，此时B单位可能需承担相应责任。但若无明确约定，B单位一般不承担协议责任。

2. 实际履行与法律责任：

   • 若B单位实际发放了补助，但未按照协议约定履行（如金额不足、时间延迟等），您仍有权依据协议向A单位主张权利。A单位在承担责任后，若认为B单位的行为导致其损失，可另行向B单位追偿。
   • 若B单位未发放补助，且无合法依据，则B单位的行为可能构成违约或侵权，但您需根据具体法律关系（如与B单位是否存在其他合同关系）来主张权利。

二、劳动法律关系下的特殊考量

1. 劳动关系认定：

   • 若您与B单位存在劳动关系，而补助协议是与A单位签订，此时需明确补助的性质。若补助属于劳动报酬的一部分（如奖金、津贴等），则可能涉及劳动法的调整。
   • 根据《劳动法》及相关规定，用人单位（B单位）有义务按时足额支付劳动报酬。若补助应纳入劳动报酬范畴，而B单位未支付，则您有权依据劳动法向B单位主张权利。

2. 关联单位责任：

   • 若A单位与B单位存在关联关系（如母子公司、总分机构等），且补助协议的签订与工资发放存在密切联系，法院在审理时可能考虑将两单位视为一个整体来认定责任。
   • 但即便如此，仍需根据协议内容、实际履行情况及相关法律规定来具体判断责任主体和范围。

三、法律建议与风险防范

1. 明确协议内容：

   • 在签订补助协议时，应明确约定补助的性质、金额、支付时间、支付方式等关键条款，并注明若由第三方代为履行时的责任划分。

2. 保留证据：

   • 保留与补助协议相关的所有证据，包括协议文本、支付凭证、沟通记录等，以便在发生争议时维护自身权益。

3. 及时主张权利：

   • 若发现补助未按照协议约定发放，应及时与协议方或实际履行方沟通，并保留沟通记录。若沟通无果，可依法向劳动仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼。

总结来说，签订补助协议与发工资单位不一致时，法律责任需根据协议内容、实际履行情况及相关法律规定综合判断。建议您在签订协议时明确条款，保留证据，并在发生争议时及时主张权利。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。