农民工工资保函应由属地人力资源社会保障行政部门保存。以下是详细分析：

法律依据与保函性质

根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》，施工总承包单位可以选择以银行保函替代现金存储工资保证金。这种保函的性质为不可撤销见索即付保函，且应以属地人力资源社会保障行政部门为受益人。这意味着，一旦施工总承包单位所承包的工程发生拖欠农民工工资的情况，且经人力资源社会保障行政部门依法作出责令限期清偿或先行清偿的行政处理决定后，到期拒不清偿时，经办银行将依照保函承担担保责任。

保函的保管与有效期

1. 保管单位：保函的正本应由属地人力资源社会保障行政部门保存。这一规定确保了保函的安全性和有效性，便于在需要时及时调用。

2. 有效期：施工总承包单位应在其工程施工期内提供有效的保函，且保函的有效期至少为1年，并不得短于合同期。如果工程未完工而保函到期，属地人力资源社会保障行政部门应在保函到期前一个月提醒施工总承包单位更换新的保函或延长保函有效期。

保函的作用与意义

农民工工资保函是保障农民工工资权益的重要手段。通过要求施工总承包单位提供保函，可以确保在发生拖欠工资情况时，农民工能够及时获得应得的报酬。同时，这也对施工总承包单位形成了一种约束，促使其按时足额支付农民工工资，从而维护了社会的和谐稳定。

实际操作中的注意事项

在实际操作中，施工总承包单位应严格按照规定开立和提交保函，并确保保函的真实性和有效性。同时，属地人力资源社会保障行政部门也应加强对保函的保管和管理，确保在需要时能够及时调用并发挥其作用。

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