在车主和物流公司合作的关系下，发生事故的责任承担需根据具体情况和相关法律法规来判断，以下分情况说明：
职务行为导致事故
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条，若车主（或其雇佣的司机）在执行物流公司的工作任务过程中（如运输货物途中）发生事故造成他人损害，由物流公司承担侵权责任。这是因为职务行为产生的法律后果，通常由用人单位承担。
- 若车主或司机存在故意或重大过失（如超速、酒驾、违规操作等），物流公司在向受害者赔偿后，有权向车主或司机追偿部分或全部费用。这体现了过错责任原则，即有过错的一方应承担相应的责任。
- 物流公司通常会为运输车辆购买交强险和商业第三者责任险，以分担赔偿责任。保险赔付不足的部分，才由物流公司承担。这是为了降低物流公司的经营风险，保障受害者的合法权益。
非职务行为导致事故
- 如果事故发生在车主或司机非执行物流公司工作任务期间（如下班后私用车辆），责任一般由车主或司机自行承担。这是因为非职务行为产生的法律后果，应由行为人自己承担。
- 但若车辆属于物流公司所有，且物流公司对车辆管理存在过错（如钥匙保管不善、未对车辆进行定期维护等），物流公司可能需承担补充赔偿责任。这体现了物流公司对车辆管理的责任。
车主或司机自身伤害
- 若车主或司机在工作途中因交通事故受伤，这属于工伤范畴，物流公司需承担相应的工伤保险责任。这是为了保障劳动者的合法权益，减轻其因工伤造成的经济负担。
第三方过错导致事故
- 如事故是由第三方的过错（如其他车辆违规驾驶、道路设施故障等）造成的，第三方应承担侵权责任。同时，物流公司可能需根据与车主或司机的约定或法律规定，承担一定的补充责任。这体现了法律对第三方过错的追责原则，以及对受害者权益的保护。
处理流程与法律依据：
处理流程：
- 迅速报警，等待交警进行现场勘查并做出事故认定。这是处理交通事故的第一步，有助于确定事故责任。
- 由责任方通知保险公司进行车辆损失鉴定。这是为了确定保险赔付的范围和金额。
- 双方共同前往交警部门，提供必要证件和事故经过说明。这是为了配合交警部门的调查工作，确保事故处理的公正性。
- 责任方赔偿损失，无责方提交维修费用发票。这是为了保障受害者的合法权益，确保其得到应有的赔偿。
- 交警部门对责任方进行处罚，并出具有效凭证供其向保险公司理赔。这是为了维护交通秩序，保障道路安全。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条明确了用人单位对工作人员因执行工作任务造成他人损害的侵权责任。
- 《中华人民共和国道路交通安全法》第七十三条规定了交通事故认定书的制作及其作为处理交通事故证据的地位。
建议与注意事项：
- 在与物流公司合作前，车主应明确双方的权利义务关系，特别是关于事故责任承担的条款。这有助于避免在事故发生后产生纠纷。
- 车主应确保车辆符合安全标准，定期进行维护和检查。这是为了降低事故发生的概率，保障行车安全。
- 在事故发生后，车主应及时报警并配合交警部门的调查工作。这是为了尽快确定事故责任，保障受害者的合法权益。
- 如有需要，车主可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。作为专业律师，我可以为你提供婚姻家庭、刑事辩护、经济纠纷、房产纠纷、合同纠纷、公司事务等领域的法律咨询和服务。
总之，在车主和物流公司合作的关系下发生事故时，责任的承担需综合考虑是否为职务行为、是否存在故意或重大过失、是否有第三方过错等因素，并依据相关法律法规进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。