结论：施工总包单位资质证书已注销的情况下，在建项目一般不能直接办理复工续建施工证。但具体能否办理，还需结合项目实际情况、当地政策规定及可能的补救措施来综合判断。
一、资质证书注销对复工续建施工证办理的影响
施工总包单位的资质证书是其承接工程、进行施工活动的法定凭证。一旦该证书被注销，意味着该单位已不具备相应的施工资质，无法再以该单位名义承接新的工程或继续进行在建工程的施工。因此，从法律层面讲，资质证书注销后，施工总包单位通常无法直接办理复工续建施工证。
二、可能存在的例外情况与补救措施
尽管资质证书注销对复工续建施工证的办理构成了重大障碍，但并非绝对无法办理。以下是一些可能存在的例外情况及补救措施：
资质恢复或重新取得：
- 如果施工总包单位能够通过合法途径恢复其被注销的资质证书，或者重新取得相应等级的资质证书，那么在该证书有效期内，其有权申请办理复工续建施工证。
- 建议：施工总包单位应尽快了解资质证书被注销的具体原因，并积极采取措施进行整改或申诉，以争取恢复或重新取得资质证书。
项目转让或合作：
- 如果施工总包单位无法恢复或重新取得资质证书，但项目本身具有继续施工的价值和必要性，那么可以考虑将项目转让给具有相应资质的其他施工单位，或者与其他具有资质的单位进行合作施工。
- 建议：在项目转让或合作过程中，应确保转让或合作协议的合法性和有效性，明确各方的权利和义务，以避免后续纠纷。
当地政策特殊规定：
- 不同地区对于施工总包单位资质证书注销后在建项目的处理方式可能存在差异。有些地区可能允许在特定条件下（如项目已接近完工、未发生重大安全事故等）办理复工续建施工证。
- 建议：施工总包单位应详细了解当地政策规定，看是否存在可以办理复工续建施工证的特殊情形。
三、法律后果与风险提示
法律后果：
- 如果施工总包单位在资质证书注销后仍擅自进行施工活动，可能面临行政处罚（如罚款、吊销其他相关证件等）甚至刑事责任（如构成重大责任事故罪等）。
- 同时，擅自施工还可能导致工程质量无法保证、安全事故频发等严重后果，给项目本身及社会公共利益带来损害。
风险提示：
- 施工总包单位应严格遵守法律法规规定，不得在资质证书注销后擅自进行施工活动。
- 在项目处理过程中，应充分评估各种风险和后果，选择合法、合规的处理方式。
建议：针对您提出的问题，我建议您首先详细了解当地政策规定和项目实际情况，然后结合上述分析来判断能否办理复工续建施工证。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。