工程已经形成实体后，变更确认是否需要付钱，这取决于变更的具体内容、合同约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同约定优先

• 有明确约定：如果建设工程合同中明确规定了工程变更的确认程序和费用支付方式，那么双方应当按照合同约定执行。例如，合同可能规定，任何工程变更都需要经过双方书面确认，并明确变更部分的费用由哪方承担。在这种情况下，只要变更得到了双方的确认，且符合合同约定的支付条件，就需要按照约定支付费用。
• 无明确约定：如果合同中没有对工程变更的确认和费用支付作出明确规定，那么双方可能需要通过协商来确定变更部分的费用。在协商过程中，可以参考行业惯例、市场价格以及变更对工程成本的实际影响等因素。

2. 变更的性质和影响

• 必要变更：如果工程变更是由于设计错误、施工条件变化等必要原因引起的，且变更对工程的整体质量和安全有重要影响，那么变更部分的费用通常应当由建设方承担。这是因为建设方有责任确保工程的设计和施工符合相关标准和要求。
• 非必要变更：如果工程变更是由于承包方的原因（如施工不当、材料选择不当等）引起的，或者变更对工程的整体质量和安全没有实质性影响，只是出于美观、便利等非必要原因，那么变更部分的费用可能应当由承包方自行承担。

3. 法律法规的规定

• 遵循公平原则：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，民事主体在从事民事活动时应当遵循公平原则。这意味着在工程变更的情况下，双方应当根据变更对工程成本的实际影响来合理分担费用。
• 避免显失公平：如果工程变更导致一方承担了过重的费用负担，而另一方却获得了不合理的利益，那么这种变更确认和费用支付方式可能被视为显失公平。在这种情况下，受损害方有权要求重新协商或寻求法律救济。

4. 实际操作建议

• 及时沟通：在工程变更发生后，双方应当及时沟通并确认变更的具体内容和费用。这有助于避免后续的纠纷和争议。
• 书面确认：为了确保变更确认和费用支付的合法性和有效性，双方应当尽量以书面形式进行确认。这可以作为后续纠纷解决的重要证据。
• 寻求专业意见：如果双方对工程变更的确认和费用支付存在争议，可以寻求专业律师或造价工程师的意见。他们可以根据相关法律法规和行业惯例提供专业的分析和建议。

总结来看，工程已经形成实体后变更确认是否需要付钱并没有一个固定的答案。它取决于合同约定、变更的性质和影响以及相关法律法规的规定。因此，在实际操作中，双方应当根据具体情况进行协商和确定。如果有任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。