工程结算书提交后已过两年质保期，结算书本身仍然有效，但其中关于质保金返还的条款可能因超出法定最长期限而部分无效。以下从不同角度为您详细分析：
一、工程结算书的有效性
工程结算书是发包方与承包方就工程价款进行结算的书面文件，其有效性主要取决于双方是否真实意思表示、内容是否合法以及是否符合合同约定的结算程序。只要工程结算书是双方真实意思表示，内容合法，且符合合同约定的结算程序，那么即使已经过了两年质保期，结算书本身仍然有效。这是因为结算书是对工程价款的最终确认，与质保期的长短无直接关联。
二、质保金返还条款的有效性
法定最长期限：
- 根据《建设工程质量保证金管理办法》的规定，缺陷责任期最长不超过2年。这意味着，如果双方在合同中约定的质保金返还期限超过了2年，那么超过的部分可能被认定为无效。
合同约定与法定规定的冲突：
- 如果合同中约定的质保金返还期限超过了法定的2年最长期限，那么该条款可能因违反法律强制性规定而部分无效。在这种情况下，法院可能会以法定的2年期限为准，判决发包方在工程竣工验收合格满2年后返还质保金。
实际案例：
- 在您提供的参考案例中，双方当事人在施工合同中约定的预留部分工程质量保修（证）金超过2年的期限，违反了《建设工程质量保证金管理办法》的相关规定。二审法院据此对一审判决进行了更正，认定超过2年的期限不能认定为缺陷责任期，质保金应自建设工程通过竣工验收之日起满2年予以返还。
三、法律建议
审查合同条款：
- 如果您是承包方，建议仔细审查与发包方签订的施工合同，特别是关于质保金返还的条款。如果发现条款中约定的返还期限超过了法定的2年最长期限，可以考虑与发包方协商修改合同条款，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
及时主张权利：
- 如果工程已经竣工验收合格满2年，但发包方仍未按照合同约定返还质保金，承包方应及时向发包方主张权利，要求其返还质保金。如果发包方拒绝返还，承包方可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。
保留证据：
- 在整个过程中，承包方应妥善保留与工程结算和质保金返还相关的证据，如工程结算书、竣工验收报告、合同文本等。这些证据将在解决争议时发挥重要作用。
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