核心结论：同工种员工奖金不同，需从合法性、合理性、程序合规性三方面综合处理，具体分以下情况：

1. 若奖金差异基于合法、合理的差异化标准

根据《劳动法》第四十六条，用人单位可按“按劳分配”原则，结合员工技能、工作量、工作质量、贡献度等制定差异化奖金方案。例如：

• 技能差异：高级技工因技术熟练度更高，完成同等任务效率或质量更优，可获更高奖金；
  
• 工作量差异：员工A本月完成100件产品，员工B完成80件，按件计酬下奖金不同属合法；
  
• 贡献差异：员工提出创新方案提升效率，或避免重大损失，可额外奖励。
  处理建议：用人单位需提前制定书面奖金制度，明确差异标准（如技能等级、产量、质量评分等），并向员工公示或培训告知，确保员工知情权。

2. 若奖金差异存在歧视性或违法情形

若差异基于性别、年龄、民族、宗教信仰等《劳动法》《就业促进法》禁止的歧视因素，或未明确标准、随意发放，则可能违法。例如：

• 同一岗位男女员工，仅因性别不同发放不同奖金；
  
• 未公示奖金规则，领导主观决定发放对象和金额。
  处理建议：
  
• 员工：可收集证据（如工资条、奖金发放记录、同事证言等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张同工同酬；
  
• 用人单位：立即修正制度，统一标准并补发差额，避免行政处罚或赔偿风险。

3. 若奖金差异因集体协商或合同约定

若企业通过职工代表大会或工会与员工协商，在集体合同中约定差异化奖金规则（如按部门绩效分配），或员工签署的劳动合同中明确奖金与个人绩效挂钩，则属合法。
处理建议：用人单位需确保协商程序合法（如代表选举合规、会议记录完整），合同条款无免除自身法定责任、排除员工权利的内容。

4. 程序合规性：制度制定与公示是关键

即使奖金差异合理，若未履行民主程序（如未与工会或职工代表协商）或未公示，可能被认定为无效。根据《劳动合同法》第四条，直接涉及员工切身利益的规章制度需经民主程序制定并公示。
处理建议：用人单位应保留制度讨论记录、公示照片或员工签字确认文件，避免举证不能。

总结：同工种奖金差异是否合法，核心在于“标准是否明确、差异是否合理、程序是否合规”。若您遇到具体争议，可提供奖金制度、发放记录等材料，我将进一步分析风险点并给出应对方案。