退回公司损失后是否可以不立案，关键在于是否存在犯罪事实以及是否需要追究刑事责任，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、存在犯罪事实且需追究刑责时，即便退回损失仍可能立案
从法律规定层面讲，立案的关键在于是否存在犯罪事实以及是否需要追究刑事责任。退回公司损失，不过是行为人对其违法犯罪行为所造成损失的一种弥补举措。若犯罪事实清晰，证据确凿充分，即便在退回损失后，司法机关依然应当予以立案。因为退回损失无法改变犯罪行为的性质以及危害后果。
例如，在职务侵占案件中，行为人实施了职务侵占行为，侵占了公司的财物，给公司造成了损失。即便之后行为人退还了侵占的款项，但只要其行为符合职务侵占罪的构成要件，公安机关仍可依据相关证据和法律规定决定是否立案。若达到立案标准，即便退还了损失，也不影响对其犯罪行为的刑事追究。不过，在量刑时，退还损失这一情节会被考虑，可能会从轻或减轻处罚。
二、犯罪情节显著轻微、危害不大时，退回损失可能影响立案决定
若退回损失后，犯罪情节极为轻微、危害不大，依照刑法规定不被认定为犯罪的，就可能对立案决定产生影响。例如一些轻微的经济纠纷案件，行为人因一时贪念侵占了公司少量财物，但在公司发现后，行为人及时认识到了自己的错误，主动退还了侵占的财物，且双方达成了和解，社会危害性较小。在这种情形下，就有可能不予以立案。
三、积极退还损失在量刑时是重要从轻情节
无论最终是否立案，积极退还公司损失都能体现行为人的悔罪态度。在量刑时，司法机关会综合考虑这一情节，给予从宽处理。虽然退还损失不能绝对地阻止立案，但可以为行为人争取到一个更有利的结果。比如在实际案例中，有的被告人通过及时退还损失，获得了从轻处罚。
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