工程款过了三年诉讼时效依然可以起诉，但可能面临对方以诉讼时效已过为由进行抗辩的风险。

一. 诉讼时效的法律规定

1. 根据《民法典》之规定，向人民法院请求对民事权利予以保护的诉讼时效期间为三年。此诉讼时效期间从权利人知晓或者理应知晓其权利遭受损害以及义务人之日开始计算。
2. 倘若自权利受损害之日起已逾二十年，人民法院便不予保护；倘若存在特殊情形，人民法院能够依照权利人的申请决定予以延长。

二. 三年诉讼时效后的起诉权利

1. 工程欠款超过三年，只要未超过二十年，依然处于诉讼时效期间内，权利人便可向法院提起诉讼。
2. 若超过诉讼时效期间再行起诉，对方或许会以诉讼时效已过作为理由进行抗辩，在此情况下，权利人的胜诉权或许会受到波及，但其实体权利并未消亡，法院仍会对案件进行审理和裁判。

三. 诉讼时效中断与中止

1. 在三年诉讼时效期间内，如果债权人向债务人提出履行请求，或者债务人同意履行义务，会导致诉讼时效中断，并重新计算三年。
2. 如果在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或其他障碍导致债权人无法行使请求权，诉讼时效会中止，待障碍消除后继续计算。

四. 我的建议

1. 尽管工程款过了三年诉讼时效依然可以起诉，但为降低风险，建议尽快收集相关证据，如合同、工程验收单、对账单、催款记录等，以证明您的债权。
2. 如有可能，尝试与对方进行协商，看是否能达成还款协议，以避免诉讼风险。
3. 如需进一步法律帮助，您可以继续咨询我。