针对您提出的“合同纠纷如何确定管辖，特别是建设工程设计合同纠纷的管辖”问题，我将为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，在处理建设工程设计合同纠纷时，管辖的确定主要依据《民事诉讼法》以及相关司法解释的规定。

一、当事人约定管辖的情况

如果当事人在书面合同中已经明确约定了管辖法院，并且这种约定不违反法院的级别管辖和专属管辖规定，那么应当以当事人约定的为准。这意味着，双方可以在合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地或标的物所在地的人民法院作为管辖法院。

二、当事人未约定管辖的情况

如果当事人没有在合同中约定管辖法院，那么通常由被告住所地或者合同履行地的人民法院管辖。对于建设工程设计合同而言，合同履行地通常指的是发包人接受设计图纸的所在地。这是因为建设工程设计合同是双务合同，发包人提供设计基础文件，设计人交付设计文件，并由发包人支付设计费用。在实际操作中，如果合同没有明确约定交付设计图纸的地点，那么根据交易习惯，可以认为发包人接受图纸的所在地即为合同履行地。

三、特殊情况下的管辖确定

如果合同没有实际履行，且当事人双方的住所地又都不在合同约定的履行地，那么在这种情况下，应由被告住所地的人民法院管辖。

四、关于诉讼时效

虽然您的问题主要关注管辖，但诉讼时效也是处理合同纠纷时需要考虑的重要因素。一般来说，诉讼时效从权利人知道或应当知道其权利受到侵害之日起开始计算。对于建设工程设计合同纠纷，如果工程款未结算，说明双方的权利义务还未确定，诉讼时效尚未起算。工程结算后，双方的权利义务已明确，债权人可以对自己的权利是否受到侵犯做出明确的判断，此时诉讼时效开始起算。

五、管辖权异议

如果一方对管辖法院不服，还可以提请管辖权异议。这是法律赋予当事人的一项权利，旨在确保案件能够在公正、合理的法院进行审理。

综上所述，对于建设工程设计合同纠纷的管辖确定，主要依据当事人的约定以及《民事诉讼法》和相关司法解释的规定。如果合同中有明确约定，则以约定为准；如果没有约定，则通常由被告住所地或合同履行地（发包人接受图纸所在地）的人民法院管辖。希望这个解答能够帮助您更好地理解和处理相关问题。