结论：自己担任法定代表人的公司在叔叔任职一把手的高校承揽项目，是否构成违纪，需结合具体情况及高校、公司的相关规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、从高校管理规定角度
回避制度：
- 许多高校都建立了回避制度，旨在防止利益冲突和不当行为。如果高校有明确规定，禁止与校领导有亲属关系的供应商承揽项目，那么您的情况就可能构成违纪。
- 建议：查阅您叔叔所在高校的相关规定，特别是关于供应商选择、回避制度等方面的条款，以判断您的行为是否违规。
公平竞争原则：
- 高校在承揽项目时，通常应遵循公平竞争原则，确保所有供应商在同等条件下竞争。如果您的公司因为与校领导的亲属关系而获得了不正当的优势，那么这也可能构成违纪。
- 建议：评估您的公司在承揽项目过程中是否遵循了公平竞争原则，是否存在利用亲属关系获取不正当利益的情况。
二、从公司管理规定角度
利益冲突规定：
- 您的公司可能也有关于利益冲突的规定，要求员工或法定代表人避免在可能产生利益冲突的情况下参与业务活动。如果您的行为违反了这些规定，那么您可能面临公司内部的纪律处分。
- 建议：查阅您公司的相关规定，特别是关于利益冲突、关联交易等方面的条款，以判断您的行为是否违规。
合规经营要求：
- 公司应合规经营，遵守相关法律法规和行业规范。如果您的行为违反了这些要求，比如通过不正当手段获取项目，那么您可能面临法律责任和公司内部的纪律处分。
- 建议：确保您的公司在承揽项目过程中遵守了相关法律法规和行业规范，不存在任何违法违规行为。
三、从法律角度
贿赂与腐败：
- 如果您的行为涉及贿赂或腐败，比如通过向校领导提供不正当利益来获取项目，那么您可能构成犯罪，面临刑事责任。
- 建议：坚决避免任何形式的贿赂和腐败行为，确保您的业务活动合法合规。
关联交易：
- 如果您的公司与高校之间的交易构成关联交易，且未按照相关法律法规进行披露和审批，那么您可能面临法律责任。
- 建议：了解并遵守关于关联交易的法律法规，确保所有关联交易都经过适当的披露和审批程序。
综合建议：
- 详细审查：首先，详细审查您叔叔所在高校和您公司的相关规定，特别是关于供应商选择、回避制度、利益冲突、关联交易等方面的条款。
- 合规操作：确保您的公司在承揽项目过程中遵守了所有相关规定和法律法规，不存在任何违法违规行为。
- 咨询专业意见：如果您对相关规定和法律法规存在疑问，建议咨询专业法律人士或相关机构的意见，以确保您的行为合法合规。
如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请直接向我咨询。