行政案件撤销立案的理由主要基于法律法规的规定以及具体案件的事实和证据，以下从不同角度进行详细分析：
法律依据角度：
- 《中华人民共和国行政处罚法》：该法规定了不予行政处罚的情形，这些情形同样可作为撤销立案的依据。例如，不满十四周岁的未成年人有违法行为的，不予行政处罚，若立案后发现当事人存在此类年龄情形，可撤销立案；精神病人、智力残疾人在不能辨认或控制自己行为时有违法行为的，也不予行政处罚，若立案后查明当事人符合此类精神状态，亦可撤销立案。此外，违法行为轻微并及时改正，未造成危害后果的，或初次违法且危害后果轻微并及时改正的，以及当事人有证据足以证明没有主观过错的，均不予行政处罚，相应情况下可撤销立案。同时，若发现行为人没有违法行为、违法行为已过追诉时效期限、行为人死亡等，也可作为撤销立案的依据。
- 《中华人民共和国行政诉讼法》：在行政诉讼过程中，若原告申请撤诉且经人民法院审查认为符合法定情形的，应裁定准许撤诉，这可能导致原行政案件的撤销立案。另外，行政案件审理过程中，如发现案件不符合立案条件，法院也会裁定撤案。行政机关在作出行政行为后发现错误或不当，经依法纠正后，也可向法院申请撤回起诉，由法院根据具体情况进行审查和裁定。
程序性规定角度：
- 《市场监督管理行政处罚程序规定》：案件调查终结后，若发现立案所依据的事实不存在、违法情节不成立等，可由办案机关按照程序作出撤销立案的决定。
- 《公安机关办理行政案件程序规定》：经过调查，发现行政案件具有没有违法事实、违法行为已过追究时效、违法嫌疑人死亡或其他需要终止调查的情形，应终止调查，并可涉及撤销立案的处理。
行政行为合法性要件缺损角度：
- 合法的行政行为具备主体合法、内容合法、程序合法三要素。任何行政行为如缺损其中一个或一个以上要件，该行政行为就是可撤销的行政行为。因此，若行政案件在立案后发现存在主体不合法、内容不合法或程序不合法的情形，可作为撤销立案的理由。
行政行为不适当角度：
- 不适当的行政行为也是可撤销的行政行为。所谓“不适当”，是指相应行政行为不合理、不公正、不符合现行政策、不合时宜、不符合有关善良风俗等情形。若行政案件在立案后发现行政行为存在不适当的情形，也可作为撤销立案的理由。
在撤销立案的程序上，通常包括提出撤销申请、处理与善后等步骤。提出撤销申请通常由行政机关内部相关部门或当事人提出，明确撤销的理由和依据。撤销立案后，行政机关应依法处理相关事宜，如退还已缴纳的罚款、解除行政强制措施等，并对撤销立案的情况进行内部监督和审查，确保行政行为的合法性和公正性。
综上所述，行政案件撤销立案的理由是多方面的，包括法律法规的规定、具体案件的事实和证据、行政行为合法性要件的缺损以及行政行为的不适当等。在实际操作中，行政机关应严格遵循相关法律法规的规定，结合具体案件事实和证据进行判断和决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。