关于市政工程中甲供材料是否合法的问题，这主要取决于具体的法律法规、政策规定以及合同条款。首先，我们来明确一下“甲供材料”的基本概念，它通常指的是在工程建设过程中，由建设单位（即发包方）自行采购并供应给施工单位使用的材料。

从法律法规的角度来看：

1. 政府投资建设项目：根据您提供的县人民政府办公室关于政府投资建设项目实行砂石料“甲供材”的通知，我们可以明确，在政府投资的建设项目中，实行砂石料“甲供材”是合法的，并且是为了保护生态环境、加强项目质量监管、规范市场秩序等目的而采取的措施。

2. 一般市政工程：对于非政府投资的一般市政工程，甲供材料的合法性则主要取决于合同条款以及相关法律法规的允许范围。如果合同中明确约定了甲供材料的相关条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么甲供材料就是合法的。

从政策规定的角度来看：

• 住房城乡建设部发布的《房屋建筑和市政基础设施工程禁止和限制使用技术目录(第二批)》等文件，主要是对施工工艺、设备和材料的使用进行规范和限制，而并未直接涉及甲供材料的合法性。因此，这些政策文件并不构成对甲供材料合法性的直接否定。

从合同条款的角度来看：

• 在市政工程建设中，建设单位和施工单位通常会通过签订合同来明确双方的权利和义务。如果合同中明确约定了甲供材料的相关条款，如材料的品种、规格、数量、价格以及供应方式等，那么双方就应当按照合同约定来执行。

综合判断：

• 在政府投资的建设项目中，实行砂石料“甲供材”是合法的，并且有明确的政策依据。
• 对于非政府投资的一般市政工程，甲供材料的合法性主要取决于合同条款以及相关法律法规的允许范围。只要合同条款合法有效，并且不违反法律法规的强制性规定，甲供材料就是合法的。

建议：

• 在实际操作中，建设单位和施工单位应当仔细审查合同条款，确保甲供材料的相关约定合法有效。
• 同时，双方也应当密切关注相关法律法规和政策文件的变化，及时调整合同条款和操作方式，以确保市政工程建设的合法性和合规性。

综上所述，市政工程中甲供材料的合法性并非一概而论，而是需要根据具体的法律法规、政策规定以及合同条款来进行综合判断。