学校制作冷荤食品违反了《学校食堂食品安全与营养健康管理规定》第三十六条第三款的规定，应依据该规定第五十五条第二款进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

一、违反的法规条款

根据《学校食堂食品安全与营养健康管理规定》第三十六条第三款：“中小学、幼儿园食堂不得制售冷荤类食品、生食类食品、裱花蛋糕，不得加工制作四季豆、鲜黄花菜、野生蘑菇、发芽土豆等高风险食品。省、自治区、直辖市食品安全监督管理部门可以结合实际制定本地区中小学、幼儿园集中用餐不得制售的高风险食品目录。” 学校食堂未经许可擅自制作冷荤食品，显然违反了这一规定。

二、处罚依据

对于学校食堂违反上述规定的行为，依据《学校食堂食品安全与营养健康管理规定》第五十五条第二款：“违反本规定第三十六条第三款，中小学、幼儿园食堂制售冷荤类食品、生食类食品、裱花蛋糕，或者加工制作四季豆、鲜黄花菜、野生蘑菇、发芽土豆等高风险食品的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门责令改正；拒不改正的，给予警告，并处5000元以上3万元以下罚款。” 因此，学校食堂在接到整改通知后仍不改正的，将面临警告及罚款的处罚。

三、实际案例与法律后果

在实际操作中，已有学校食堂因违规制作冷荤食品而受到处罚的案例。例如，彬州市市场监管局就曾查处某中学食堂未经许可擅自从事凉菜制售的行为，并当场下达了《行政处罚决定书》，给予警告，并责令限期改正。若学校食堂在限期内未进行整改，将面临更严厉的处罚。

四、建议与措施

1. 严格遵守法规：学校食堂应严格遵守《学校食堂食品安全与营养健康管理规定》等相关法规，不得制售冷荤类食品等高风险食品。
2. 加强内部管理：学校应加强对食堂的内部管理，确保食堂工作人员具备相应的食品安全知识和操作技能，定期进行食品安全培训和考核。
3. 接受监督与检查：学校食堂应积极接受食品安全监督管理部门的监督和检查，对发现的问题及时整改，确保食品安全。

作为舒进律师，我提醒您，食品安全无小事，尤其是校园食品安全更是关系到每一位学生的身体健康和成长发育。因此，学校食堂必须严格遵守相关法规，确保食品安全。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。