股东职务侵占金额并不扣除股权比例。在处理股东职务侵占案件时，侵占的金额是按照其实际侵占的公司财产数额来计算的，而不是根据其股权比例进行扣除或调整。以下是对此问题的详细分析：

一、职务侵占罪的构成与金额计算

职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。在计算侵占金额时，法律关注的是行为人实际侵占的公司财产数额，这是构成职务侵占罪的重要依据。股权比例并不影响侵占金额的计算，因为股权比例反映的是股东在公司中的权益份额，而非其侵占公司财产的能力或数额。

二、股权比例与职务侵占的关系

1. 股权比例不决定侵占能力：股东的股权比例高，并不意味着其就有更大的能力或权利去侵占公司财产。职务侵占行为是违法的，与股权比例无关。

2. 股权比例不影响法律责任：无论股东的股权比例是多少，一旦其被认定为职务侵占，都将面临相应的法律责任。法律责任的承担是基于行为人的违法行为，而非其股权比例。

三、法律实践中的处理

在司法实践中，法院在审理股东职务侵占案件时，会重点关注行为人实际侵占的公司财产数额，以及这一行为是否构成了职务侵占罪。股权比例通常不会作为量刑或定罪的考虑因素，除非在极少数特殊情况下，股权比例可能间接影响到对公司财产的控制或管理，但这并不改变侵占金额的计算方式。

四、法律建议

1. 遵守法律法规：作为股东或公司管理人员，应严格遵守法律法规，不得利用职务之便侵占公司财产。

2. 加强内部管理：公司应建立健全的内部管理制度，加强对公司财产的保护和监督，防止职务侵占行为的发生。

3. 及时寻求法律帮助：如果发现股东或公司管理人员存在职务侵占行为，应及时向公安机关报案，并寻求专业律师的法律帮助，以维护公司的合法权益。

如果您在股东职务侵占或其他公司法务方面遇到问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。