可以起诉商家，但需结合具体证据情况综合判断胜诉可能性。以下从法律角度分情况说明：

1. 核心法律依据：商家行为涉嫌违法，消费者有权起诉

根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第五十五条，经营者提供商品或服务有欺诈行为的，消费者可要求“退一赔三”，最低赔偿500元；若造成人身或其他财产损害，还可要求赔偿实际损失。
关键点：商家销售假劣种子属于欺诈行为，即使未开发票，只要能证明购买事实及种子质量问题，即可主张权利。

2. 证据收集：无发票时的替代证明

发票是直接证据，但非唯一证据。可通过以下方式补证：

• 交易记录：支付凭证（如转账记录、收据）、聊天记录（如商家承认销售种子的对话）；
  
• 证人证言：其他购买者或知情人的证言；
  
• 鉴定报告：委托农业部门或第三方机构对种子质量进行鉴定，证明其不符合国家标准或虚假宣传；
  
• 现场证据：如种子包装、标签、宣传资料等。
  提示：证据越充分，胜诉概率越高。若完全无证据，可能面临举证不能的风险。

3. 商家拒补发票的法律后果

根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，商家销售商品时应向消费者开具发票。拒开发票属于违法行为，消费者可向税务机关举报（拨打12366），税务机关将责令改正并处罚款。
但需注意：举报商家偷税漏税与起诉商家欺诈是两个独立法律程序，前者可能推动商家妥协，但无法直接解决赔偿问题。

4. 诉讼策略建议

• 同步进行：
  
  1. 向当地农业部门投诉种子质量问题（要求查处并出具书面结论）；
     
  2. 向税务机关举报商家拒开发票；
     
  3. 同步准备民事诉讼材料（起诉状、证据清单）。
     
• 诉讼时效：消费者权益纠纷诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算，需尽快行动。

5. 风险提示

若无法证明种子质量问题（如未鉴定）或购买事实（如无任何交易记录），可能面临败诉风险。建议优先通过协商、投诉解决，若商家态度强硬，再启动诉讼程序。

总结：无发票不影响起诉权利，但需通过其他证据补强。建议立即固定证据（如鉴定种子、保存交易记录），并向农业、税务部门同步投诉，形成压力后协商或直接起诉。如有进一步证据问题，可继续向我咨询具体操作细节。