一般情况下，若您已与银行协商好还款方案，银行通常不会擅自扣除已冻结的钱款，但具体还需依据协商内容、合同条款及银行政策来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、协商还款的法律效力

1. 协商达成的协议：当您与银行就还款事宜达成协商并签订协议后，该协议即具有法律效力。双方应严格按照协议内容履行各自义务，包括还款金额、还款期限等。
2. 银行的扣款权利：在协商还款期间，银行通常不会擅自扣除已冻结的钱款，除非协商协议中明确规定了银行在特定情况下的扣款权利，或者您未按照协议履行还款义务。

二、可能扣除冻结钱款的情况

1. 协商协议中的约定：若协商协议中明确规定了银行在您未按时还款或其他违约情况下的扣款权利，那么银行在符合约定条件时，有权扣除已冻结的钱款。
2. 您未履行还款义务：若您未按照协商协议履行还款义务，银行可能会根据合同条款或相关法律规定，采取包括扣除已冻结钱款在内的措施来保障其债权。
3. 银行政策或操作：虽然不常见，但某些银行可能在特定情况下，根据内部政策或操作流程，对已冻结的钱款进行扣除。这种情况通常较为特殊，且需要符合相关法律法规和合同条款。

三、如何避免银行扣除冻结钱款

1. 严格履行还款义务：按照协商协议中的还款金额和还款期限，严格履行还款义务，避免出现违约情况。
2. 与银行保持沟通：在还款过程中，与银行保持密切沟通，及时告知银行您的还款情况和可能遇到的困难，以便银行能够理解并协助您解决问题。
3. 了解合同条款和银行政策：在协商还款前，仔细阅读贷款合同条款和银行政策，了解银行在何种情况下可能会扣除已冻结的钱款，以便提前做好准备。

四、若银行扣除冻结钱款后的应对措施

1. 联系银行了解原因：若银行扣除了已冻结的钱款，首先应联系银行了解扣除的具体原因和依据。
2. 核对协商协议和合同条款：核对协商协议和贷款合同条款，确认银行扣除钱款的行为是否符合约定和法律规定。
3. 寻求法律援助：若您认为银行的扣除行为存在不当或违法情况，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议您在协商还款过程中，务必保持与银行的密切沟通，并严格按照协商协议履行还款义务。如有任何疑问或遇到困难，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。