核心结论：出差期间本厂员工加班的考勤计算需结合公司规章制度、劳动合同约定及法律法规综合判定，具体分以下情况处理：

1. 公司有明确规章制度或劳动合同约定

• 考勤规则优先适用：若公司《员工手册》《考勤管理制度》或劳动合同中明确规定了“出差期间加班的考勤计算方式”（如按实际工作时间折算工时、给予调休或支付加班费），则应优先按约定执行。
• 示例：制度规定“出差期间工作日加班按1.5倍工资支付，休息日加班按2倍支付”，则直接按此标准计算。

2. 公司无明确规定，但存在加班事实

• 需区分工作日与休息日：
  • 工作日加班：员工在出差期间因工作需要延长工作时间的，若能证明加班事实（如工作记录、邮件往来、客户确认等），公司应按《劳动法》第44条支付不低于工资150%的加班费。
  • 休息日加班：若出差期间包含周末或法定节假日，且员工无法安排补休的，公司应支付不低于工资200%（休息日）或300%（法定节假日）的加班费。
• 举证责任：员工需提供证据证明加班事实（如出差行程单、工作沟通记录等），公司若否认则需提供反证。

3. 特殊情形：综合计算工时制或不定时工时制

• 综合计算工时制：若员工适用综合计算工时制，且出差加班未超过周期内总工时，可能不视为加班；但超出部分仍需支付加班费。
• 不定时工时制：若员工适用不定时工时制，通常不计算加班费，但法定节假日工作仍需支付300%工资。

4. 实务建议

• 员工：保留出差期间的工作证据（如邮件、签到记录、客户反馈等），若公司未支付加班费，可先协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 公司：建议完善考勤制度，明确出差加班的规则（如是否折算工时、调休政策等），避免因制度缺失引发纠纷。

法律依据：

• 《劳动法》第44条：支付加班费的标准。
  
• 《劳动合同法》第4条：用人单位应依法建立和完善劳动规章制度。
  
• 《关于职工工作时间有关问题的通知》（劳部发〔1995〕127号）：综合计算工时制和不定时工时制的适用规则。

如有具体案例或制度条款需要分析，可直接向我咨询。