结论前置：在您购买了商业险且后车负主责追尾，但对方赔偿能力不足的情况下，您可以通过以下途径来处理：
向己方保险公司申请代位追偿：
- 法律依据：根据《保险法》的相关规定，因第三者对保险标的的损害而造成保险事故的，保险人自向被保险人赔偿保险金之日起，在赔偿金额范围内代位行使被保险人对第三者请求赔偿的权利。
- 操作流程：您应首先向己方保险公司报案，并提供事故责任认定书、对方信息等必要材料。保险公司审核通过后，会先向您支付赔偿金，随后取得向对方追偿的权利。
- 注意事项：确保您已及时报案，并保留好所有相关证据，以便保险公司顺利处理代位追偿事宜。
直接向对方提起民事诉讼：
- 法律依据：根据《民法典》中关于侵权责任的规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
- 操作流程：若对方赔偿能力不足且保险公司代位追偿存在困难，您可以向法院提起民事诉讼，要求对方赔偿您的损失。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明对方的过错以及您所遭受的损失。
- 注意事项：诉讼过程可能较为漫长，且需要您承担一定的诉讼费用。因此，在决定提起诉讼前，应充分评估对方的赔偿能力以及诉讼的可行性。
与对方协商分期赔偿：
- 适用场景：若对方确实存在赔偿困难，但愿意承担赔偿责任，您可以与对方协商分期赔偿的方案。
- 操作要点：在协商过程中，应明确分期赔偿的金额、期限以及违约责任等条款，并签订书面协议以确保双方权益。
- 风险提示：分期赔偿存在对方违约的风险，因此您应谨慎评估对方的信用状况以及还款能力。
综合建议：在处理此类事故时，建议您首先尝试向己方保险公司申请代位追偿，以快速获得赔偿。若保险公司代位追偿存在困难或对方赔偿能力极低，您可以考虑直接向对方提起民事诉讼或与对方协商分期赔偿的方案。无论选择哪种方式，都应确保保留好所有相关证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。