销售员按照公司价格体系签订协议，客户给销售负责人拿回扣是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律角度
商业贿赂的违法性：
- 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》及相关规定，商业贿赂是指经营者为了获取交易机会或者竞争优势，采用财物或者其他手段收买相关单位或者个人的行为。客户给销售负责人拿回扣，本质上属于商业贿赂的一种形式，因此是违法的。
职务侵占或受贿的嫌疑：
- 如果销售负责人利用职务之便，收受客户回扣并归个人所有，可能构成职务侵占罪或受贿罪（如果销售负责人是国家工作人员）。这取决于销售负责人的身份和回扣的性质、数额等因素。
二、公司角度
违反公司规章制度：
- 大多数公司都有明确的规章制度，禁止员工收受客户回扣或进行其他形式的贿赂行为。销售负责人收受回扣，不仅违反了法律法规，也违反了公司的规章制度，可能面临公司的纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
损害公司利益：
- 客户给销售负责人拿回扣，往往会导致销售负责人为了个人利益而损害公司的利益。例如，销售负责人可能为了获取回扣而降低销售价格、提供不合理的优惠条件等，从而损害公司的利润和声誉。
三、实际操作与风险防范
加强内部管理：
- 公司应加强对销售人员的培训和管理，明确禁止收受回扣等贿赂行为，并建立相应的监督机制和举报渠道。
完善合同条款：
- 在与客户签订合同时，公司应明确约定价格、付款方式、违约责任等条款，以防止销售人员利用合同漏洞进行不正当行为。
法律风险防范：
- 公司应定期进行法律风险评估和合规审查，及时发现和纠正可能存在的法律风险点。同时，公司也可以考虑购买相关的商业保险，以降低因销售人员违法行为而给公司带来的损失。
建议：
- 对于销售负责人而言，应严格遵守法律法规和公司规章制度，拒绝任何形式的回扣和贿赂行为。
- 对于公司而言，应加强对销售人员的培训和管理，完善内部监督机制和合同条款，以降低法律风险。
- 如果发现销售人员存在收受回扣等违法行为，公司应及时采取措施进行调查和处理，并视情况向相关部门举报。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。