公司股东用私人名义申请其在职期间发明的专利，一般是不合法的，但存在例外情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况下的不合法性
职务发明归属：
- 根据《中华人民共和国专利法》第六条，执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。职务发明创造申请专利的权利属于该单位，申请被批准后，该单位为专利权人。
- 如果股东的发明是在其担任公司职务期间，利用公司资源（如资金、设备、技术资料等）完成的，那么该发明应视为职务发明，专利申请权应归公司所有，而非股东个人。
违反公司规定与忠诚义务：
- 股东作为公司的一员，通常需要遵守公司的规章制度，包括关于知识产权归属的规定。
- 股东对公司负有忠诚义务，不得利用公司资源为自己谋取私利。用私人名义申请职务发明，可能构成对公司忠诚义务的违反。
二、例外情况
非职务发明：
- 如果股东的发明并非在其担任公司职务期间完成，或者并未利用公司资源，那么该发明可能不被视为职务发明。
- 在这种情况下，股东有权以个人名义申请专利。但需要注意的是，股东需要证明该发明与其职务无关，且未利用公司资源。
公司同意或授权：
- 如果公司明确同意或授权股东以个人名义申请专利，那么这种行为就是合法的。
- 公司可能会出于某种考虑（如战略布局、市场策略等）而允许股东以个人名义申请专利，但这种情况通常需要签订书面协议来明确双方的权利和义务。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果股东未经公司同意，擅自以个人名义申请职务发明，公司有权要求股东将专利申请权或专利权转让给公司。
- 股东还可能因违反公司规定或忠诚义务而承担民事责任，如赔偿公司损失等。
建议：
- 股东在发明创造过程中，应明确区分职务发明与非职务发明，避免混淆。
- 如果股东希望以个人名义申请专利，应事先与公司沟通并获得明确同意或授权。
- 公司应建立健全的知识产权管理制度，明确职务发明与非职务发明的界定标准以及专利申请权的归属原则。
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