公司股东以个人名义和学院合作做技术研发，这一行为本身并不直接违法，但需满足一定条件并注意潜在的法律风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性分析
股东个人行为与公司行为的区分：
- 股东以个人名义进行技术研发合作，首先需明确这是股东的个人行为，而非公司行为。除非公司章程或股东会决议明确授权股东代表公司进行此类合作，否则该行为不应被视为公司行为。
- 如果股东在合作中使用了公司的资源（如资金、技术、设备等），则可能构成对公司权益的侵害，需要得到公司的明确授权或事后追认。
合作协议的合法性：
- 股东与学院签订的技术研发合作协议，应遵守相关法律法规，如《合同法》、《技术合同法》等。协议内容应合法、合规，不得违反国家强制性规定或公序良俗。
- 协议中应明确双方的权利义务、知识产权归属、利益分配等关键条款，以避免未来可能出现的纠纷。
知识产权的归属：
- 在技术研发过程中产生的知识产权（如专利、商标、著作权等）的归属，是合作协议中需要明确的重要条款。
- 如果股东以个人名义进行研发，但使用了公司的技术或资源，那么产生的知识产权可能涉及公司权益。此时，应在合作协议中明确知识产权的归属或分享方式。
二、潜在法律风险及防范
公司权益受损风险：
- 如果股东在合作中未经公司同意使用了公司资源，可能构成对公司权益的侵害。公司有权要求股东停止侵害、赔偿损失，并可能追究其法律责任。
- 防范建议：股东在合作前应与公司明确沟通，获得公司的授权或追认。合作协议中应明确公司资源的使用方式和补偿机制。
知识产权纠纷风险：
- 如果合作协议中未明确知识产权的归属或分享方式，未来可能出现知识产权纠纷。
- 防范建议：在合作协议中明确知识产权的归属或分享方式，必要时可寻求专业法律意见或进行知识产权评估。
税务合规风险：
- 股东以个人名义进行技术研发合作，可能涉及个人所得税的缴纳问题。如果合作收入未依法纳税，可能面临税务处罚。
- 防范建议：股东应依法申报并缴纳个人所得税，确保税务合规。如有需要，可咨询专业税务顾问。
三、特殊情况下的合法性
- 如果股东本身就是技术研发领域的专家，且以个人名义与学院进行合作，未使用公司资源，且合作协议合法合规，那么这种行为通常是合法的。
- 如果公司章程或股东会决议明确允许股东以个人名义进行此类合作，并规定了相应的权益分配和风险承担机制，那么这种行为也是合法的。
总结与建议：公司股东以个人名义和学院合作做技术研发，在遵守相关法律法规、明确合作协议条款、保护公司权益和知识产权、确保税务合规的前提下，是合法的。但为了避免潜在的法律风险，建议股东在合作前与公司进行充分沟通，获得公司的授权或追认，并在合作协议中明确双方的权利义务和利益分配机制。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。