动迁协议丢失后办理房产证，若相关部门收取合理费用，一般是合法的，但具体是否合理需结合费用性质、当地政策及实际服务内容综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 费用性质与合法性基础

• 行政事业性收费：若办理房产证过程中涉及行政审批、权属登记等公共服务，相关部门可能依据《行政事业性收费标准管理办法》收取工本费、登记费等。此类费用需有省级以上财政、价格部门批准，并公开收费项目和标准。若收费符合规定，即使动迁协议丢失需补办手续，收取合理费用也是合法的。
• 服务性收费：若因动迁协议丢失需额外提供查询档案、补办证明等服务，相关部门可能收取服务费。此类费用需遵循市场调节价原则，且不得强制服务或只收费不服务。若服务内容真实存在且价格合理，收费亦属合法。

2. 动迁协议丢失的特殊性

• 补办协议的必要性：动迁协议是办理房产证的重要依据，丢失后需向拆迁部门或档案馆申请补办或出具证明。此过程中可能产生查询、复印、盖章等成本，相关部门据此收取费用需有明确依据。
• 费用合理性判断：若收费仅覆盖实际成本（如纸张、人工、档案查询费等），且未超出市场合理范围，则属合理；若收费明显高于成本或无依据，则可能涉嫌违规。

3. 地区政策差异

• 地方性规定：不同地区对动迁协议补办、房产证办理的收费标准可能不同。例如，部分城市对历史遗留问题（如动迁协议丢失）可能出台专项政策，减免或规范收费。建议咨询当地拆迁部门或房管局，了解具体政策。
• 公开透明要求：根据《政府信息公开条例》，相关部门应公开收费项目、标准及依据。若收费未公开或无法提供依据，您有权要求解释或拒绝支付。

4. 法律建议与行动步骤

• 核实收费依据：要求相关部门出具收费文件或依据，确认是否为行政事业性收费或服务性收费，并核对标准是否合理。
• 协商或投诉：若认为收费不合理，可先与相关部门协商；协商无果的，可向当地物价部门、财政部门或上级主管部门投诉。
• 补办协议流程：同步推进动迁协议补办或证明出具，避免因流程延误影响房产证办理。

5. 潜在风险与防范

• 拒绝不合理收费：若收费无依据或明显过高，切勿盲目支付，以免助长违规行为。
• 保留证据：支付费用时要求出具正规票据，并保存好相关文件，以备后续维权。

总结：动迁协议丢失后办理房产证，相关部门收取合理费用一般合法，但需核实费用性质、依据及标准。若遇不合理收费，可通过协商、投诉等方式维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体地区政策为您提供更精准的建议。