协议中的仲裁条款在特定情形下可以被法院撤销。以下是对此问题的详细分析：
一、法院撤销仲裁条款的法定情形
根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人提出证据证明仲裁裁决（或仲裁条款所涉及的仲裁事项）存在下列情形之一的，可以向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决（或对仲裁条款的效力提出异议并请求法院审查）：
- 没有仲裁协议：即双方当事人之间不存在有效的仲裁协议，仲裁程序缺乏基础依据。若协议中的仲裁条款本身就不存在或无效，法院有权对此进行审查并可能撤销。
- 裁决事项不属于仲裁协议范围或仲裁委无权仲裁：超出约定仲裁事项范围，或仲裁委对该事项无管辖权时，相关仲裁条款可能被视为无效或可撤销。
- 仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序：如仲裁员的选定、仲裁庭的组成不符合法定程序，或未保障当事人陈述、辩论等权利，这可能影响仲裁的公正性，法院有权对此进行审查。
- 裁决所根据的证据是伪造的：伪造证据会影响裁决公正性，若仲裁条款所涉及的仲裁事项基于伪造证据作出裁决，法院可能撤销相关仲裁条款或裁决。
- 对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据：关键证据被隐瞒，导致裁决结果可能有失公平，法院有权对此进行审查并可能撤销相关仲裁条款或裁决。
- 仲裁员在仲裁该案时有索贿受贿、徇私舞弊、枉法裁决行为：这严重损害了仲裁的公正性和权威性，法院有权撤销相关仲裁条款或裁决。
二、申请撤销仲裁条款的程序
- 提出申请：当事人应在收到裁决书之日起六个月内（或对仲裁条款效力有异议时，在仲裁庭首次开庭前），向仲裁委员会所在地的中级人民法院提出撤销申请。
- 法院审查：法院会对当事人的申请进行审查核实，若确有上述法定情形之一，便裁定撤销仲裁条款或裁决。反之，若不符合撤销条件，法院则裁定驳回申请。
三、注意事项
- 仲裁与诉讼的互斥性：一旦选择了仲裁方式解决纠纷，并签订了有效的仲裁协议，通常就不能再就同一纠纷向法院起诉。因此，在签订仲裁协议时，当事人应谨慎考虑。
- 及时行使权利：若当事人认为仲裁条款存在法定可撤销情形，应及时向法院提出申请，以免错过申请期限。
- 寻求专业法律帮助：由于仲裁和诉讼都是复杂的法律程序，涉及众多法律条款和程序规定，当事人在处理相关纠纷时，建议寻求专业律师的法律帮助。
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