关于您提出的“被停课两周是否合法”的问题，这主要取决于具体的情境和相关的教育法规。

首先，我们需要明确的是，学校对学生进行停课处理，通常是在学生出现严重违规违纪行为，且这种行为对学校的教学秩序、学生安全或其他学生权益造成了较大影响的情况下进行的。这种处理方式属于教育惩戒的一种，其目的在于纠正学生的不良行为，维护学校的正常教学秩序。

接下来，我们参考《中小学教育惩戒规则(试行)》的相关规定。根据该规则，对于小学高年级、初中和高中阶段的学生，如果违规违纪情节严重或者影响恶劣，学校可以实施包括停课在内的教育惩戒措施。但规则也明确指出，给予的停课时间通常不超过一周，并要求家长在家进行教育、管教。

现在，我们回到您的问题上来。如果学校决定对学生进行两周的停课处理，这超出了《中小学教育惩戒规则(试行)》中规定的“不超过一周”的停课时间上限。因此，从法规的角度来看，这种两周的停课处理可能是不合法的，除非有特别的法律法规或地方性规定允许在特定情况下进行更长时间的停课。

然而，我们也需要注意到，教育法规可能会因地区、学校类型或具体情境而有所不同。此外，如果学生在停课期间出现了需要更长时间进行教育、管教或心理辅导的特殊情况，学校可能会与家长协商并采取相应的措施，但这通常需要在法规的框架内进行，并可能需要得到教育主管部门的批准。

最后，如果您或您的孩子被学校停课，并且您认为这种处理方式不合法或不合理，您有权向学校提出申诉，或者向当地的教育主管部门反映情况并寻求帮助。

综上所述，被停课两周是否合法，需要具体看相关的教育法规以及学校的具体处理情况。如果超出了法规规定的停课时间上限，那么这种处理方式可能是不合法的。