交通事故住院自己承担责任的部分，能否报合疗（新农村合作医疗保险），需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：

一、可以报销的情况

1. 无第三方责任：

   • 如果交通事故完全是由自己造成的，没有涉及第三方责任，例如自己驾车操作失误导致受伤，且未获得任何赔偿，那么可以利用新农村合作医疗保险来进行赔付。
   • 在这种情况下，即使报警了，只要凭交警出具的无事故责任方赔偿证明，以及相关的医药费发票，就可以申请报销。

2. 已获得部分赔偿但仍有未获赔部分：

   • 如果在交通事故中自己承担了部分责任，但已获得的赔偿不足以覆盖全部医疗费用，那么对于未获得赔偿的部分，可以凭公安机关的事故认定书、法院的事故处理调解书或判决书等司法证明材料，以及医药费发票的复印件，申报报销。
   • 此外，还可以依据事故处理中保险公司给予的理赔分割单和加盖了保险公司理赔专用章的医药费发票复印件去申报新农村合作医疗的医药费报销。

二、不可以报销的情况

1. 已获得全额赔偿：

   • 如果在交通事故发生后，对方已经进行了赔偿，并且赔偿金额已经覆盖了全部医疗费用，那么新农村合作医疗保险将不再给予报销。
   • 这是因为新农村合作医疗保险的目的是为了补充医疗费用，而不是替代其他赔偿方式。

2. 存在违法犯罪行为：

   • 如果交通事故是由于醉酒驾驶、吸毒后驾驶等违法犯罪行为导致的，即使自己承担责任，新农村合作医疗保险也可能拒绝报销。
   • 这是因为违法犯罪行为导致的伤害不属于医疗保险的报销范围。

三、法律建议

• 保留相关证据：在申请报销时，务必保留好相关的证据材料，如事故认定书、调解书、判决书、医药费发票等，以便在需要时提供证明。
• 及时咨询：如果对报销流程或政策有疑问，建议及时咨询当地的新农村合作医疗保险管理部门或专业律师，以确保自己的权益得到保障。

总结来说，交通事故住院自己承担责任的部分能否报合疗，关键在于是否存在第三方责任以及责任的认定情况。如果完全是自己责任且无第三方责任，或者已获得部分赔偿但仍有未获赔部分，那么可以申请报销；如果已获得全额赔偿或存在违法犯罪行为，则可能无法报销。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。