在交通事故中承担五五责任的情况下，农村合作医疗（现通常称为城乡居民基本医疗保险）对自己承担的部分能否报销，需分情况讨论：

1. 若交通事故涉及第三方责任人：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，应当由第三人负担的医疗费用，不纳入基本医疗保险基金支付范围。这意味着，如果交通事故中存在明确的第三方责任人，并且该责任人应当承担您的医疗费用，那么这部分费用通常不能通过农村合作医疗（城乡居民基本医疗保险）进行报销。
   • 例外情况：如果第三方责任人逃逸、无法确定或者无力支付医疗费用，且您已经通过其他途径（如交通事故社会救助基金）无法获得全额赔偿，那么您可以向医疗保险经办机构申请报销，但需要提供相关证明材料，如交警部门出具的事故责任认定书、第三方逃逸或无力支付的证明等。

2. 若交通事故不涉及第三方责任人，或您选择自行承担部分费用：

   • 在这种情况下，如果您在交通事故中受伤并产生了医疗费用，且这些费用不属于应当由第三人负担的范围，那么您可以按照农村合作医疗（城乡居民基本医疗保险）的相关规定，申请报销您自行承担的部分医疗费用。
   • 报销流程：您需要携带医疗费用发票、诊断证明、费用清单等相关材料，到当地的医疗保险经办机构办理报销手续。具体报销比例和限额等，需根据您所在地区的具体政策来确定。

额外建议：

• 在处理交通事故赔偿问题时，建议您及时与保险公司和医疗保险经办机构沟通，了解具体的报销政策和流程。
• 如果交通事故涉及复杂的法律问题，如责任认定、赔偿标准等，建议您咨询专业的律师或法律机构，以维护自己的合法权益。

可能涉及的法律后果：

• 如果您试图通过不正当手段（如伪造证明材料）获取医疗保险报销，可能会面临法律责任，包括但不限于罚款、行政处罚等。
• 如果您在交通事故中未及时报警或保留相关证据，可能会导致责任认定困难，进而影响您的赔偿和报销权益。

总结：在交通事故中承担五五责任的情况下，农村合作医疗（城乡居民基本医疗保险）对自己承担的部分能否报销，取决于是否涉及第三方责任人以及具体的报销政策。建议您根据实际情况，及时咨询当地的医疗保险经办机构或专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。如有其他法律问题，也欢迎直接向我咨询。